Le comité scientifique est composé des cinq personnalités scientifiques désignées pour être membres du comité plénier conformément au 3° du I de l'article R. 661-5 et de sept autres personnalités scientifiques choisies, après avis du comité plénier, en raison de leur compétence. Ces douze membres appartiennent aux trois groupes suivants, à raison d'au moins deux par groupe :
1° Recherche et enseignement supérieur dépendant du ministère de l'agriculture ;
2° Recherche et enseignements dépendant de ministères autres que celui de l'agriculture ;
3° Recherche et expérimentation dépendant d'entreprises de création variétale, d'entreprises de production de semences ou de plants ou d'instituts techniques.
Le ministre chargé de l'agriculture désigne par arrêté, pour une durée de trois ans, le président et les membres du comité scientifique.
Le comité scientifique comprend en outre le président, le vice-président, le secrétaire général du Comité technique permanent de la sélection des plantes cultivées.

Le comité scientifique donne son avis sur les possibilités d'application des acquis les plus récents des sciences fondamentales dans les domaines prévus aux articles R. 661-1 et R. 661-2 et sur les conséquences techniques et scientifiques des mesures et dispositions envisagées par les règlements techniques d'inscription et de certification.
Il peut proposer des actions de recherche et de recherche-développement permettant de valoriser les acquis de la recherche dans le domaine de compétence du Comité technique permanent pour la sélection des plantes cultivées.