L'agence est dotée d'un conseil d'administration qui comprend, outre son président :

1° Dix membres de droit :

Deux représentants du ministre chargé de l'agriculture :

le directeur général des politiques économique, européenne et internationale ou son représentant ;

le directeur des affaires financières et de la logistique ou son représentant ;

Deux représentants des ministres chargés de l'économie et du budget :

le directeur du budget ou son représentant ;

le directeur général de la comptabilité publique ou son représentant ;

Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ;

Le directeur général de l'Office national interprofessionnel des grandes cultures ou son représentant ;

Le directeur de l'Office national interprofessionnel des fruits, des légumes, des vins et de l'horticulture ou son représentant ;

Le directeur de l'Office national interprofessionnel de l'élevage et de ses productions ou son représentant ;

Le directeur de l'Office de développement de l'économie agricole dans les départements d'outre-mer ou son représentant ;

Le directeur général du Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles ou son représentant ;

2° Huit personnalités désignées en raison de leur compétence par le ministre en charge de l'agriculture ;

3° Deux représentants des syndicats de salariés de l'établissement, choisis parmi les personnes proposées par les organisations les plus représentatives.

Un directeur départemental de l'agriculture et de la forêt et un directeur départemental des services vétérinaires assistent au conseil d'administration en qualité d'experts, avec voix consultative.