Le budget de l'agence comprend :

1° En recettes :

a) Une subvention de l'Etat ;

b) Les versements effectués par les organismes qui ont conclu des conventions prévues à l'article R. 621-2 ;

c) Les produits financiers, l'intérêt et le remboursement des prêts et avances consentis par l'agence ;

d) Les recettes diverses.

2° En dépenses :

a) Les dépenses de fonctionnement et d'équipement de l'agence ;

b) Les autres dépenses ;

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté des ministres chargés du budget et de l'agriculture.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 64-486 du 28 mai 1964 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Le contrôle financier de l'Etat sur l'agence s'exerce dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements autonomes de l'Etat.

Le chef de la mission de contrôle général économique et financier auprès des organismes d'intervention de l'agriculture et de la pêche est chargé du contrôle financier de l'agence.

Le membre du corps du contrôle général économique et financier ou son délégué doit revêtir de son visa préalable tous les actes du directeur portant attribution de fonds, à l'exception des décisions prises en application d'actes de portée générale ayant expressément prévu cette dérogation. Le visa du membre du corps du contrôle général économique et financier doit être donné ou refusé dans les deux jours ouvrables qui suivent la communication des documents.