Le fonds national de péréquation et d'action professionnelle des chambres d'agriculture est géré par un comité de gestion de dix membres composé :

• du président de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture, président ;
• et de neuf membres élus en son sein par l'assemblée permanente des chambres d'agriculture, à l'ouverture de sa première session ordinaire suivant le renouvellement général ou partiel des chambres départementales d'agriculture.

Ces neufs membres sont élus à la majorité absolue au premier tour de scrutin et à la majorité relative, au second tour. Ils demeurent en fonctions jusqu'à la première session ordinaire suivant de nouvelles élections générales ou partielles des chambres d'agriculture.
Le ministre de l'agriculture peut assister ou se faire représenter aux réunions du comité de gestion.
Le président de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture peut se faire représenter par un membre de l'assemblée permanente pour convoquer et présider le comité de gestion.