Le Fonds national de modernisation, de performance et de péréquation est géré par un comité de gestion, présidé par le président de Chambres d'agriculture France, qui met en œuvre la stratégie du Fonds adoptée par Chambres d'agriculture France et approuvée par le ministre chargé de l'agriculture.

Outre son président, le comité de gestion comprend quatorze membres élus par Chambres d'agriculture France en son sein lors de chaque première session ordinaire suivant le renouvellement général des chambres départementales d'agriculture :

- un membre élu parmi les représentants des chambres d'agriculture de Guadeloupe, Guyane, Martinique, La Réunion et de Mayotte ;

- treize membres représentant chacun une région métropolitaine, élus parmi les représentants des chambres dont tout ou partie de la circonscription est comprise dans cette région.

Ces membres sont élus à la majorité absolue au premier tour de scrutin et à la majorité relative au second tour.

Le président de Chambres d'agriculture France peut se faire représenter par un membre du bureau de l'établissement.

Le ministre chargé de l'agriculture, ou son représentant, participe aux réunions du comité de gestion. Il peut s'y faire accompagner.