Le conseil règle par ses délibérations la vie du Comité national de la conchyliculture. Il se réunit sur convocation du président du comité, qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil est également convoqué soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Les délibérations sont alors adoptées à la majorité des membres présents.
Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine est informé de toutes les réunions, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les projets de délibérations ainsi que les délibérations votées lui sont transmis.

Sur décision prise à la majorité de ses membres, le conseil peut déléguer à son bureau les pouvoirs qui relèvent de sa compétence, à l'exception des délibérations relatives au budget, aux comptes de fin d'exercice et aux cotisations professionnelles.
Lorsqu'elles sont adoptées par le bureau, les délibérations du comité ne peuvent pas être rendues obligatoires en application de l'article R. 912-111.

Le président du Comité national de la conchyliculture prépare les délibérations du bureau et du conseil et veille à leur exécution. Il en rend compte à ces instances.
Il assure la direction des services du comité national et le représente dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.
Il représente le comité national en justice.
Il nomme aux emplois.
Il peut autoriser à assister avec voix consultative, aux réunions du conseil ou du bureau, toute personne dont il juge la présence utile compte tenu de l'ordre du jour.
Le conseil peut autoriser le président à déléguer sa signature dans les conditions fixées par le règlement intérieur prévu à l'article R. 912-112.

Les délibérations portant sur les missions attribuées au comité national en application des articles L. 912-7 et R. 912-101, adoptées à la majorité des membres du conseil, peuvent être rendues obligatoires par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine.
Lorsque ces délibérations sont relatives aux normes de commercialisation des produits de la conchyliculture, elles peuvent être rendues obligatoires, pour une période maximale de trois ans, par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, après avis du ministre chargé de la consommation.
Les délibérations du comité national fixant le montant annuel des cotisations professionnelles prévues à l'article L. 912-16 font l'objet d'un avis publié au Journal officiel de la République française.

Un règlement intérieur, approuvé par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine, fixe les modalités de fonctionnement du conseil du Comité national de la conchyliculture.
Ce règlement peut prévoir la création de commissions de travail destinées à préparer les délibérations sur des questions particulières.
Ces commissions sont constituées majoritairement de membres titulaires ou suppléants du conseil.