Le garde des sceaux, ministre de la justice, dispose d'une compétence d'affectation des personnes condamnées dans tous les établissements pénitentiaires ou quartiers de centres pénitentiaires. Sa compétence est exclusive pour les affectations dans les maisons centrales et les quartiers maison centrale ainsi que pour décider de l'affectation :

1° Des personnes condamnées à une ou plusieurs peines dont la durée totale est supérieure ou égale à dix ans et dont la durée de détention restant à exécuter au moment où leur condamnation ou la dernière de leurs condamnations est devenue définitive est supérieure à cinq ans ;

2° Des personnes condamnées à raison d'actes de terrorisme tels que prévus et réprimés par les dispositions des articles 421-1 à 421-6 du code pénal ;

3° Des personnes condamnées ayant fait l'objet d'une inscription au répertoire des personnes détenues particulièrement signalées, prévu par les dispositions de l'article D. 223-11.

Le directeur interrégional des services pénitentiaires est compétent pour décider de l'affectation, dans les centres de détention ou quartiers centre de détention, les centres de semi-liberté ou quartiers de semi-liberté, les structures d'accompagnement vers la sortie, les maisons d'arrêt ou quartiers maison d'arrêt, les établissements spécialisés pour mineurs et les quartiers des mineurs des établissements pénitentiaires des personnes condamnées autres que celles mentionnées à l'article D. 211-18.

Le directeur interrégional des services pénitentiaires peut déléguer sa compétence aux directeurs des établissements pénitentiaires comprenant un quartier maison d'arrêt et un quartier centre de détention, pour l'affectation des personnes condamnées qui y sont détenues et auxquelles il reste à exécuter, au moment où leur condamnation ou la dernière de leurs condamnations est devenue définitive, une détention d'une durée inférieure à deux ans.
Le directeur interrégional des services pénitentiaires peut également déléguer sa compétence aux directeurs des établissements pénitentiaires comprenant un quartier maison d'arrêt et une structure d'accompagnement vers la sortie, pour l'affectation des personnes condamnées qui y sont détenues et auxquelles il reste à exécuter, au moment où leur condamnation ou la dernière de leurs condamnations est devenue définitive, une détention dont la durée totale n'excède pas deux ans.
Le directeur interrégional des services pénitentiaires peut déléguer sa compétence au directeur de l'établissement comportant un quartier des mineurs ou au directeur de l'établissement pénitentiaire spécialisé pour mineurs pour décider du maintien dans leur affectation des personnes condamnées atteignant l'âge de la majorité en détention dans les conditions prévues par les dispositions de l'article R. 124-10 du code de la justice pénale des mineurs.

Les personnes condamnées affectées dans des maisons d'arrêt sont maintenues dans l'établissement où elles sont écrouées ou sont transférées dans une autre maison d'arrêt du ressort de la direction interrégionale. Dans ce second cas, l'affectation est décidée par le directeur interrégional des services pénitentiaires en tenant compte notamment de la capacité offerte par chaque établissement pénitentiaire.

Dans tous les cas prévus par les dispositions des articles D. 211-18 à D. 211-21, la décision d'affectation est prise, sauf urgence, après consultation du juge de l'application des peines.

Lorsque l'affectation incombe au garde des sceaux, ministre de la justice, la décision donne lieu :
1° Soit à l'envoi de la personne condamnée au centre national d'évaluation ;
2° Soit à la délivrance d'un ordre de transfèrement de la personne condamnée à destination d'un établissement pour peines ou d'une maison d'arrêt qui paraît le mieux adapté à sa situation ;
3° Soit au maintien de la personne intéressée à l'établissement où elle se trouve ;
4° Soit à sa mise à la disposition d'un directeur interrégional des services pénitentiaires.

Lorsque l'affectation incombe au directeur interrégional des services pénitentiaires, la décision donne lieu :
1° Soit à la délivrance d'un ordre de transfèrement de la personne condamnée à destination d'un centre de détention ou d'un centre de semi-liberté ou d'une maison d'arrêt ou d'un quartier d'un centre pénitentiaire appartenant à l'une de ces catégories d'établissements pénitentiaires ou d'une structure d'accompagnement vers la sortie, relevant de sa circonscription ;
2° Soit au maintien de la personne intéressée à l'établissement où elle se trouve ;
3° Soit à sa mise à la disposition d'un autre directeur interrégional des services pénitentiaires après l'accord préalable de ce dernier. Le garde des sceaux, ministre de la justice, est compétent en cas de désaccord entre les directeurs interrégionaux des services pénitentiaires ;
4° Soit à un dessaisissement au profit du garde des sceaux, ministre de la justice, en vue d'une affectation dans une maison centrale ou un quartier maison centrale, dès lors que le directeur interrégional des services pénitentiaires estime que la personne condamnée doit être affectée dans cette catégorie d'établissement. Dans ce cas, la décision incombe au garde des sceaux, ministre de la justice, qui décide de l'affectation de la personne condamnée dans l'établissement pénitentiaire le plus approprié.