L'Agence nationale pour l'emploi est organisée en directions régionales, composées de directions déléguées et d'agences locales pour l'emploi.

Pour l'exercice de ses missions, l'agence peut prendre des participations et créer des filiales dans les conditions prévues au paragraphe 4.
Ces filiales peuvent fournir des services payants sauf pour les demandeurs d'emploi.

Sous réserve de dispositions particulières concernant certains personnels déterminés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'emploi et du budget, les frais de déplacement et de changement de résidence sont remboursés au personnel de l'agence dans les conditions prévues pour les agents de l'Etat et de ses établissements publics.

Les salariés qui siègent au conseil d'administration et aux comités régionaux de l'agence bénéficient des dispositions relatives au congé de participation aux instances d'emploi et de formation professionnelle, prévu à l'article L. 3142-3.

Lorsque l'agence prend des décisions ou conclut des conventions pour le compte de l'Etat, elle statue également, au nom de l'Etat, en cas de recours administratifs formés contre ces décisions ou conventions.
Les recours hiérarchiques sont portés devant le directeur régional lorsqu'il a reçu une délégation de signature.

L'Agence représente l'Etat devant les juridictions compétentes en cas de litiges relatifs aux décisions ou conventions mentionnées à l'article R. 5312-33.