Sous réserve des dispositions du deuxième alinéa de l'article L. 439-57, les dirigeants de chacune des personnes morales participantes et, le cas échéant, les personnes physiques participantes négocient avec le groupe spécial de négociation en vue de parvenir à un accord dont le contenu est fixé conformément aux dispositions de l'article L. 439-32.
L'accord inclut dans les cas de renégociation l'hypothèse des modifications intervenues postérieurement à la constitution de la société coopérative européenne et touchant à sa structure, ainsi qu'à celle de ses filiales et de ses établissements.

Lorsque la société coopérative européenne est constituée par transformation d'une coopérative, l'accord prévoit un niveau d'information, de consultation et de participation au moins équivalent à celui qui existe dans la coopérative qui doit être transformée.
L'accord conclu en violation des dispositions du premier alinéa est nul ; dans un tel cas, les dispositions de la section 3 relatives à l'implication des salariés en l'absence d'accord s'appliquent.

Le groupe spécial de négociation prend ses décisions à la majorité absolue de ses membres qui doit représenter également la majorité absolue des salariés des personnes participantes ainsi que des filiales ou établissements concernés.
Par dérogation au premier alinéa, la décision de ne pas engager les négociations ou de clore des négociations déjà engagées et d'appliquer la réglementation relative à l'information et à la consultation qui est en vigueur dans les Etats membres où la société coopérative européenne emploie des salariés est prise à la majorité des deux tiers des membres du groupe spécial de négociation d'au moins deux Etats membres et à la condition qu'ils représentent au moins les deux tiers des salariés des personnes morales ou des personnes physiques participantes, ainsi que des filiales et établissements concernés. Dans ce cas, la section 3 du présent chapitre n'est pas applicable. Une telle décision ne peut être prise dans le cas d'une société coopérative européenne constituée par transformation lorsqu'il existe un système de participation dans la coopérative qui doit être transformée.
Lorsque la participation concerne au moins 25 % du nombre total de salariés des personnes participantes, en cas de constitution d'une société coopérative européenne par voie de fusion, ou au moins 50 % de ce nombre total, en cas de constitution par tout autre moyen à l'exception du cas prévu au premier alinéa de l'article L. 439-56, la majorité requise est celle prévue au deuxième alinéa si le groupe spécial de négociation envisage de fixer un nombre ou une proportion des membres de l'organe de surveillance ou d'administration par lesquels les salariés exercent leurs droits à participation à un niveau inférieur à celui qui était le plus élevé au sein de l'une des entités participantes. Dans ce cas, la sous-section 2 de la section 3 du présent chapitre n'est pas applicable.