L'entreprise qui souhaite exercer la profession de transporteur public routier de personnes formule une demande d'autorisation en ce sens auprès du préfet de la région où elle a ou souhaite avoir son siège ou, pour une entreprise n'ayant pas son siège en France, son établissement principal. Celui-ci dispose d'un délai de trois mois, éventuellement prorogeable d'un mois dans l'hypothèse où le dossier présenté à l'appui de la demande s'avère incomplet, pour se prononcer sur cette demande.

Le préfet de région délivre à l'entreprise une autorisation d'exercer la profession lorsqu'elle satisfait aux exigences d'établissement, d'honorabilité professionnelle, de capacité financière et de capacité professionnelle prévues aux articles R. 3113-18 à R. 3113-42, sous réserve des dispositions des articles R. 3113-10 et R. 3113-11.

Les entreprises établies en France et autorisées en vertu de l'article R. 3113-3 à exercer une activité de transport public routier de personnes sont inscrites au registre électronique national des entreprises de transport par route dans les conditions prévues à l'article R. 3113-5.

Les entreprises ayant leur siège en France sont inscrites au registre par le préfet de la région où elles ont leur siège.
Les entreprises n'ayant pas leur siège en France sont inscrites au registre par le préfet de la région où leur établissement principal est situé. Celui-ci mentionne également au registre l'adresse du siège de l'entreprise.
Dans les cas prévus aux deux alinéas précédents, les établissements secondaires des entreprises situés sur le territoire national sont mentionnés au registre par le préfet de la région où l'entreprise est inscrite ainsi que, respectivement, par chacun des préfets des régions où ces établissements sont implantés.

Pour l'application des articles 16 à 18 du règlement (CE) n° 1071/2009 du Parlement européen et du Conseil du 21 octobre 2009 établissant des règles communes sur les conditions à respecter pour exercer la profession de transporteur par route et abrogeant la directive 96/26/ CE du Conseil, l'inscription au registre est réalisée sur un support électronique dans les conditions prévues par la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés.

Dans le cas des coopératives d'entreprises de transport public routier de personnes, les entreprises membres de la coopérative de même que celle-ci sont autorisées à exercer la profession de transport public routier de personnes conformément à l'article R. 3113-3 et sont inscrites au registre électronique national des entreprises de transport par route. L'inscription de la coopérative porte mention de la liste des entreprises qui en sont membres.

L'inscription au registre donne lieu à la délivrance par le préfet de région des licences suivantes :
1° Une licence communautaire lorsque l'entreprise utilise un ou plusieurs autobus ou autocars, sous réserve de ne pas être inscrite au registre en application des articles R. 3113-10 et R. 3113-11 ;
2° Une licence de transport intérieur lorsque l'entreprise utilise un ou plusieurs véhicules autres que des autobus ou des autocars, ou lorsqu'elle est inscrite au registre en application des articles R. 3113-10 et R. 3113-11.
La licence communautaire ou de transport intérieur, établie au nom de l'entreprise, est délivrée pour une durée maximale de dix ans renouvelable et ne peut faire l'objet d'aucun transfert à un tiers. Elle est accompagnée de copies certifiées conformes numérotées dont le nombre correspond à celui des véhicules mentionnés à l'article R. 3113-33.
L'original de la licence est conservé dans l'établissement de l'entreprise mentionné à l'article R. 3113-19. Il doit être restitué au préfet de région, ainsi que l'ensemble de ses copies certifiées conformes, à la fin de la période de validité de la licence ou lorsque l'autorisation d'exercer la profession a été suspendue ou retirée.

Les entreprises de taxis inscrites au registre avant le 31 décembre 2011 en ayant bénéficié pour cette inscription de la dispense de capacités financière et professionnelle conservent le bénéfice de leur inscription au registre jusqu'à la date d'échéance de leur licence de transport intérieur. Elles peuvent dans ce cadre exercer l'activité prévue à l'article R. 3113-11.