La caisse de retraite du personnel navigant professionnel de l'aéronautique civile est administrée par un conseil d'administration comprenant :
1° Onze administrateurs titulaires représentant les employeurs, nommés par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile sur propositions des :
a) Organisations professionnelles des employeurs du transport et du travail aériens, à raison de huit membres ;
b) Organismes représentatifs de l'industrie aéronautique, à raison d'un membre ;
c) Ministères employeurs de personnel navigant professionnel, à raison de deux membres ;
Onze administrateurs suppléants sont désignés dans les mêmes conditions ;
2° Onze administrateurs titulaires représentant les affiliés, dont trois retraités. Ils sont élus par les affiliés pour cinq ans au scrutin de liste, à la représentation proportionnelle, à la plus forte moyenne, sans panachage ni vote préférentiel.
Onze administrateurs suppléants sont élus dans les mêmes conditions.
Le mandat des administrateurs est renouvelable.
Un arrêté du ministre chargé de l'aviation civile, du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé de la défense précise les modalités de ce scrutin, notamment le nombre des collèges électoraux, la répartition des affiliés, le nombre de leurs représentants pour chacun des collèges et les règles en matière de vacance de poste des administrateurs.

Le président et le vice-président sont élus en son sein par le conseil d'administration, à la majorité des deux tiers des membres présents, sous réserve que le nombre d'administrateurs présents soit supérieur à la moitié du nombre total des membres dont le conseil est composé.
La durée du mandat du président et du vice-président est de cinq ans. Ce mandat est renouvelable.
En cas de partage égal des voix, le président a voix prépondérante.

Les administrateurs suppléants siègent aux séances du conseil d'administration en cas d'empêchement des administrateurs titulaires. Ils remplacent les titulaires en cas de vacance définitive en cours de mandat.

Un commissaire du Gouvernement représentant le ministre chargé de la sécurité sociale assiste aux délibérations du conseil.
Un représentant du ministre chargé de l'aviation civile assiste également aux délibérations du conseil.
Ils sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.

Le conseil d'administration approuve les comptes annuels après lecture du rapport émis par l'instance chargée de la certification.
Hors le cas d'exécution immédiate à la suite d'une approbation expresse, les décisions du conseil sont exécutoires de plein droit dans un délai de vingt jours après leur communication aux ministres chargés de la sécurité sociale et du budget.
Toutefois, ces décisions peuvent être annulées, dans ce délai, par décision de l'un de ces ministres lorsqu'elles sont illégales ou susceptibles de mettre en péril l'équilibre financier de la Caisse.

La caisse de retraite du personnel navigant professionnel de l'aéronautique civile peut conclure avec l'Etat une convention d'objectifs et de gestion comportant des engagements réciproques des signataires. Cette convention détermine les objectifs pluriannuels de gestion, les moyens de fonctionnement dont la caisse dispose pour les atteindre et les actions mises en œuvre à ces fins par chacun des signataires.

La convention prévue par l'article R. 6527-8, conclue pour une durée minimale de trois ans, précise notamment :
1° Les objectifs liés à la mise en œuvre des dispositions législatives et réglementaires qui régissent la gestion du risque, le service des prestations et le recouvrement des cotisations ;
2° Les règles de calcul et d'évolution du budget de gestion et d'action sociale ;
3° Les objectifs liés à l'amélioration de la qualité du service aux assurés, à la performance de la gestion, au coût de la gestion, à la gestion financière et à l'action sociale ;
4° Le processus d'évaluation contradictoire des résultats obtenus au regard des objectifs fixés ;
5° Les conditions de conclusion d'avenants en cours d'exécution de la convention.
Elle contient les indicateurs quantitatifs et qualitatifs associés à la définition des objectifs.
La signature de cette convention est autorisée par une délibération du conseil d'administration.