En cas de menace pour la sécurité nationale, en application de l'article L. 6341-4, des mesures de sûreté supplémentaires sont mises en œuvre par les entreprises de transport aérien fournissant des services aériens à destination du territoire français au départ d'aérodromes étrangers autres que ceux situés sur les territoires des Etats membres de l'Union européenne, de la Confédération suisse, du Royaume de Norvège et de la République d'Islande.
Ces mesures sont définies par un arrêté du ministre chargé de l'aviation civile, qui fixe également la liste des aérodromes sur lesquels elles s'appliquent. Cet arrêté, qui peut être reconduit, précise la durée de mise en œuvre de ces mesures, qui ne peut excéder six mois.

Conformément aux dispositions du deuxième alinéa de l'article L. 6341-4, les mesures de sûreté mentionnées à l'article R. 6341-21 sont celles prévues par le règlement (CE) n° 300/2008 du Parlement européen et du Conseil du 11 mars 2008, notamment son article 4, ainsi que par les règlements pris pour son application par la Commission européenne et par les lois et les règlements relatifs aux normes de sûreté et portent sur les domaines suivants :
1° Contrôle d'accès et inspection-filtrage des passagers, de leurs objets personnels et de leurs bagages de cabine ;
2° Contrôle d'accès et inspection-filtrage des personnes autres que les passagers et des objets qu'elles transportent ayant accès aux aéronefs ou à des biens emportés à bord des aéronefs ;
3° Inspection-filtrage et protection des bagages de soute ;
4° Vérification de concordance entre passagers et bagages de soute ;
5° Fouille de sûreté et protection des aéronefs ;
6° Contrôles de sûreté, inspection-filtrage et protection du fret et du courrier ;
7° Contrôles de sûreté, inspection-filtrage et protection du courrier de transporteur aérien et du matériel de transporteur aérien ;
8° Contrôles de sûreté, inspection-filtrage et protection des approvisionnements de bord ;
9° Recrutement et formation du personnel chargé des mesures de sûreté ;
10° Equipements de sûreté et règles d'utilisation de ces équipements.

Dans un délai fixé par l'arrêté prévu par l'article R. 6341-21 qui, sauf urgence, ne peut être inférieur à vingt et un jours, les entreprises de transport aérien modifient leur programme de sûreté afin de décrire les méthodes et les procédures qu'elles entendent suivre pour mettre en œuvre les mesures de sûreté supplémentaires qui leur sont imposées.

Une traçabilité des mesures de sûreté supplémentaires mises en œuvre au départ de l'aérodrome étranger est assurée par l'entreprise de transport aérien pour chaque vol.
Le document par lequel est assurée cette traçabilité est signé par la ou les personnes désignées par l'entreprise de transport aérien comme responsables de la mise en œuvre de ces mesures. Les informations devant figurer dans ce document sont fixées par l'arrêté prévu par l'article R. 6341-21.
Ce document est conservé à bord de l'aéronef effectuant le vol desservant le territoire national. Il est remis par le commandant de bord aux agents civils et militaires de l'Etat prévus par l'article R. 6341-25 sur demande de ceux-ci, ou archivé par l'entreprise de transport aérien sur l'aérodrome de destination situé sur le territoire national pour une durée minimale d'un an et tenu à disposition des agents civils et militaires de l'Etat susmentionnés.
Une copie de ce document est également conservée pendant la durée du vol et au minimum pendant vingt-quatre heures en un lieu qui n'est pas situé à bord de l'aéronef.

Les agents civils et militaires de l'Etat ainsi que les organismes ou personnes agissant pour le compte et sous le contrôle de l'administration et certifiés à cet effet par le ministre chargé de l'aviation civile vérifient, dans les conditions prévues par l'article L. 6341-1, que les entreprises de transport aérien respectent les mesures de sûreté imposées en vertu de l'article R. 6341-21.

En cas de non-respect des mesures imposées en vertu de l'article R. 6341-21, le ministre chargé de l'aviation civile peut imposer des mesures restrictives d'exploitation ou des mesures correctives ou de nature à compenser la non-conformité relevée à l'encontre de l'entreprise de transport aérien. Sauf en cas d'urgence, l'entreprise de transport aérien mise en cause est préalablement avisée de la mesure envisagée et dispose d'un délai de dix jours ouvrés pour présenter ses observations écrites ou orales.

En cas de menace pour la sécurité nationale présentant à la fois un caractère d'urgence et de particulière gravité, le ministre chargé de l'aviation civile peut suspendre, pour une durée qui ne peut excéder un mois, l'autorisation d'exploiter des services de transport aérien entre un aérodrome étranger et le territoire national, accordée à une entreprise de transport aérien en application des articles R. 6412-16, R. 6412-19 et R. 6412-20.

En cas de menace pour la sécurité nationale présentant à la fois un caractère d'urgence et de particulière gravité, le préfet de région du lieu du principal établissement de l'entreprise de transport aérien peut suspendre, pour une durée qui ne peut excéder un mois, l'autorisation d'exploiter des services de transport aérien entre un aérodrome étranger et le territoire national, accordée à cette entreprise en application de l'article R. 6412-17.