Voies navigables de France est un établissement public administratif placé sous la tutelle du ministre chargé des transports.
Dans le cadre de ses missions définies aux articles L. 4311-1 et suivants et sous réserve des missions attribuées aux ports autonomes fluviaux, à la Compagnie nationale du Rhône ainsi qu'aux concessionnaires et titulaires d'autorisation de la force hydraulique, Voies navigables de France :
1° Au titre de l'exploitation des voies navigables, centralise et diffuse au public les informations relatives à l'utilisation des voies navigables et peut être chargé par l'Etat d'assurer tant le contrôle des flottes françaises circulant sur les voies d'eau soumises à un régime international que l'observation par leurs exploitants des servitudes d'intérêt national ;
2° Au titre de la promotion des voies navigables, peut contribuer à la définition, au financement et à la mise en œuvre des aides financières susceptibles d'être accordées aux entreprises de transport fluvial ;
3° Au titre de l'entretien et de la surveillance des ouvrages et aménagements hydrauliques situés sur le domaine public qui lui est confié, assure les différents usages du réseau navigable ;
4° Au titre de l'appui technique aux autorités administratives de l'Etat, assure, sur le domaine de l'Etat qui lui est confié en vertu de l'article L. 4314-1, la préparation des règlements particuliers de police, des autorisations de manifestations nautiques, des autorisations spéciales de transport en raison des caractéristiques de la voie navigable, des plans de signalisation, des actes de déplacement d'office et de la liste des ouvrages pour lesquels la mise en place d'une signalisation appropriée est nécessaire.

Pour la réalisation des missions qui lui sont confiées, Voies navigables de France peut faire appel à tout établissement public de l'Etat compétent en matières scientifique et technique. Une convention passée entre les deux établissements précise les prestations réalisées pour Voies navigables de France ainsi que leurs modalités de réalisation.

Le ministre chargé des transports fixe les caractéristiques générales des voies navigables et arrête le tracé de référence des voies navigables nouvelles.
Voies navigables de France est le maître d'ouvrage des opérations d'investissement sur le domaine qui lui est confié.
Il soumet à l'approbation du ministre chargé des transports les projets unitaires dont le montant excède un seuil fixé par arrêté de ce ministre, sur la base d'un dossier indiquant l'objectif du projet, la consistance des travaux, l'évaluation de la dépense correspondante et de la rentabilité économique et sociale de l'investissement projeté. Les méthodes d'évaluation sont conformes aux règles fixées par le ministre chargé des transports pour les projets d'infrastructure.

Conformément aux dispositions de l'article L. 4311-3, Voies navigables de France est consulté par l'Etat sur les règlements particuliers de police de la navigation mentionnés à l'article L. 4241-2.

Voies navigables de France est consulté par l'Etat préalablement à l'attribution :

1° Des autorisations ou concessions accordées, pour la production d'énergie hydraulique, par le code de l'énergie ;

2° Des concessions accordées en application des articles L. 3211-10 et L. 3211-15 du code général de la propriété des personnes publiques.