L'opération de pilotage commence à partir du moment où le pilote se présente ou monte à bord dans la limite de la station et se termine lorsque le navire est arrivé à destination, au mouillage, à quai ou à la limite de la station.
Des conseils peuvent être donnés à distance par un pilote à un capitaine, sur demande de ce dernier, pour l'aider dans la conduite de son navire en vue de l'embarquement du pilote au point habituel défini par les règles applicables à la station. Une aide peut également être apportée au capitaine dans les mêmes conditions après le débarquement du pilote au point habituel.

Par exception aux dispositions de l'article D. 5341-10, lorsque les conditions nautiques et météorologiques empêchent l'embarquement ou le débarquement du pilote au point habituel, une assistance, dont les modalités sont fixées par le règlement local, peut être fournie à distance par un pilote, à la demande du capitaine, afin de conseiller ce dernier avant l'embarquement effectif du pilote ou après son débarquement.
Le pilote fournissant cette assistance doit disposer des moyens lui permettant de suivre la route du navire et d'être en liaison avec celui-ci et avec la capitainerie du port ou l'autorité désignée par le commandement de la marine dans les ports militaires. Ces autorités doivent, avant toute autorisation ou ordre de mouvement, avoir été clairement informées par le pilote des conditions, en ce qui concerne le pilotage, dans lesquelles s'effectuerait le mouvement du navire.

Tout navire astreint à l'obligation de pilotage se rendant dans un port où le pilotage est obligatoire est tenu de faire connaître son heure probable d'arrivée, vingt-quatre heures à l'avance ou au plus tard au moment où il quitte le port d'escale précédent.

Le capitaine doit faire le signal d'appel du pilote à l'entrée de la zone où le pilotage est obligatoire et le maintenir jusqu'à l'arrivée du pilote.

L'appel adressé au pilote est fait par tous moyens de communication conformément aux modalités prévues par les instructions nautiques.
Sauf le cas réel de danger, il est interdit d'employer les signaux de détresse pour appeler le pilote.

Le capitaine doit faciliter l'embarquement du pilote qui se présente et lui donner tous les moyens nécessaires pour accéder à bord dans les meilleures conditions de sécurité. Une fois le pilotage accompli, il a les mêmes obligations pour le débarquement du pilote.

Le capitaine est tenu de déclarer au pilote qui monte à bord le tirant d'eau, la vitesse, les conditions d'évolution de son navire et, d'une manière générale, tout élément susceptible d'avoir une incidence sur la conduite du navire.
En outre, il remplit, signe et communique au pilote, pour son information, une fiche de renseignements d'un modèle prévu par arrêté du ministre chargé de la mer.
Le capitaine fait parvenir la fiche à la capitainerie du port à l'arrivée du navire.

Le capitaine doit prendre le premier pilote qui se présente ou celui qui est désigné par le tour de liste qui est établi dans chaque station.

Les navires astreints à l'obligation de pilotage sont servis dans l'ordre dans lequel ils se présentent, sous réserve qu'ils aient rempli les obligations imposées à l'article R. 5341-12.
Tout navire affranchi de l'obligation de pilotage pour l'une des raisons mentionnées à l'article R. 5341-2, et dont le capitaine a fait appel au service du pilote, est servi selon les possibilités de la station, sauf s'il est prioritaire en application des dispositions de l'article L. 5341-2.

Les moyens nautiques utilisés par les pilotes pour se rendre à bord des navires arborent les feux et marques prévues par le règlement international pour prévenir les abordages en mer. Par ailleurs, les moyens nautiques et aériens utilisés par les pilotes pour se rendre à bord des navires portent la mention " PILOTE " inscrite sur leurs parties les plus visibles, sans préjudice des dispositions plus précises ou plus contraignantes prévues par les règlements locaux.

Les pilotes reçoivent, à bord des navires de commerce, la nourriture et le logement des officiers.

Le capitaine dont le navire doit quitter le port remet au bureau du pilotage, ou, à défaut, à la capitainerie, une demande contenant toutes les indications nécessaires pour que le pilote soit présent, en temps utile, au départ du navire.

Les pilotes rendent compte au chef du pilotage et aux divers services intéressés, en particulier la capitainerie du port, le centre de sécurité des navires des affaires maritimes, le centre d'opérations et de renseignement du groupement de gendarmerie maritime en ce qui concerne les observations mentionnées au 5° du présent article et, dans les ports militaires, l'autorité portuaire de la Marine nationale :

1° Des renseignements contenus dans la fiche de renseignement prévue à l'article D. 5341-16, susceptibles d'entraîner des mesures particulières de la part de l'autorité portuaire ou maritime et, d'une manière générale, de l'état du navire piloté lorsqu'il présente un risque pour les personnes à bord, la cargaison, les autres navires, les installations portuaires ou l'environnement ;

2° Des accidents ou incidents qui surviennent pendant le pilotage ;

3° Des observations qu'ils peuvent faire à l'occasion de leur service concernant l'état des fonds, du balisage et des ouvrages portuaires ;

4° Des accidents ou incidents parvenant à leur connaissance qui peuvent avoir des répercussions sur la sécurité de la navigation ou la protection de l'environnement ou l'état des ouvrages portuaires ;

5° Des observations qu'ils peuvent faire à l'occasion de leur service concernant la sûreté des navires et des installations portuaires.

Le compte rendu est présenté dans les délais et les formes compatibles avec l'exploitation optimale des informations par les services intéressés. Sous réserve de l'application des règles relatives aux messages de détresse, il est transmis directement et d'urgence par voie radiotéléphonique à la capitainerie du port et, dans les ports militaires, à l'autorité désignée par le commandement de la Marine nationale, lorsque les informations reçues ou les constatations faites mettent en évidence un risque immédiat pour la sécurité ou la sûreté. Un rapport écrit est transmis ensuite s'il y a lieu.

Tout navire dont le capitaine est titulaire d'une licence de capitaine pilote assure, lorsque l'équipement de la station de pilotage ou du port le justifie, une veille radio pendant toute la durée des opérations d'entrées ou de sorties et des mouvements qu'il effectue sans pilote.