Le pilotage défini par l'article L. 5341-1 est obligatoire pour tous les navires, y compris les navires de guerre, dans la zone dont les limites sont déterminées pour chaque port par le règlement local de la station de pilotage de ce port, en application de l'article R. 5341-47.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 5341-1, sont dispensés de l'obligation de pilotage :

1° Les navires, quel que soit leur tonnage, affectés exclusivement à l'amélioration, à l'entretien et à la surveillance des ports et de leur accès ainsi qu'au sauvetage ;

2° Les navires du service des phares et balises ;

3° Les navires de guerre français à l'entrée et à la sortie des ports militaires, lorsqu'ils sont appelés, pour ce faire, à pénétrer dans la zone de pilotage obligatoire d'un port non militaire ;

4° Les navires d'une longueur hors tout inférieure à un certain seuil fixé pour chaque station, en considération des conditions locales d'exécution de l'opération de pilotage. La décision portant fixation du seuil est prise par le préfet de région après avis de la commission locale prévue à l'article R. 5341-6. Elle est annexée au règlement local de la station ;

5° Abrogé.

L'obligation de pilotage prévue à l'article R. 5341-1 comporte une obligation de prendre un pilote. Toutefois, ne sont pas soumis à l'obligation de prendre un pilote les navires dont le capitaine est titulaire d'une licence de capitaine pilote applicable dans le port ou la partie du port considérée et délivrée selon les modalités fixées par l'article R. 5341-3.

La licence de capitaine pilote est valable pour un navire donné, en tenant compte de ses caractéristiques, de son équipement et de ses qualités manœuvrières, et pour un port ou une partie de port déterminé, en tenant compte des conditions locales de navigation et des difficultés techniques de l'opération de pilotage.

Il ne peut être délivré de licence de capitaine pilote pour :
1° Un navire citerne transportant des hydrocarbures dont la liste figure à l'annexe I de la convention pour la prévention de la pollution par les navires (Marpol) ;
2° Un navire transportant des substances dangereuses ou polluantes telles que définies à l'article 1er du décret n° 84-810 du 10 août 1984 relatif à la sauvegarde de la vie humaine en mer, à l'habitabilité à bord des navires et à la prévention de la pollution.
Toutefois, en fonction de la configuration portuaire et de la nature du trafic, et après avis favorable de la commission locale, une dérogation peut être accordée par le préfet de département au capitaine d'un navire de soutage ou d'avitaillement remplissant les conditions énoncées à l'article R. 5341-6.

Le préfet de région fixe pour chaque port, après avis motivé de la commission locale mentionnée à l'article R. 5341-6 :
1° Les catégories et les longueurs hors tout des navires pour lesquels une licence de capitaine pilote peut être délivrée ;
2° Le nombre de touchées et leur périodicité ;
3° D'une manière générale, toutes autres mesures plus restrictives indispensables au maintien de la sécurité de la navigation dans le port.
La décision est annexée au règlement local de la station.

La licence de capitaine pilote est délivrée au capitaine ayant subi, avec succès, un examen devant une commission locale dont la composition est fixée par arrêté du ministre chargé de la marine marchande et réunissant les conditions suivantes :
1° Etre titulaire du brevet requis pour exercer les fonctions de capitaine. Le brevet exigé d'un candidat ressortissant d'un Etat étranger est celui prévu par la réglementation de cet Etat ;
2° Etre apte physiquement. Les conditions d'aptitude physique sont celles exigées des pilotes français en cours de carrière ;
3° Avoir effectué comme capitaine du navire considéré et au cours d'une période déterminée un nombre minimum de touchées ;
4° Comprendre le français et s'exprimer dans cette langue. Toutefois, en fonction de la configuration portuaire et de la nature du trafic et après avis favorable de la commission locale, qui s'assure que les candidats étrangers sont aptes à communiquer d'une manière satisfaisante avec le bureau des officiers de port, une dérogation peut être accordée par le préfet de département.

La licence de capitaine pilote est délivrée, pour une durée de deux ans, par le préfet de département après avis de la commission locale.
Elle peut être renouvelée, dans les mêmes formes mais sans examen, dès lors que toutes les conditions requises pour la délivrance demeurent réunies.

Le préfet de département peut, après avis de la commission locale :
1° Pour un navire donné, délivrer au second capitaine la licence de capitaine pilote, selon les mêmes critères que ceux applicables au capitaine en titre. L'utilisation de la licence de capitaine pilote est subordonnée à l'exercice de la fonction de capitaine du navire considéré ;
2° Etendre la validité de la licence de capitaine pilote à un ou plusieurs navires de caractéristiques comparables, en fonction, notamment, de leurs équipements de sécurité, de manœuvre et de navigation ;
3° Restreindre sa validité, en temps et en lieu, en fonction de considérations climatiques, de la densité du trafic, de l'état du port et de motifs de sécurité.

La licence cesse d'être valable dès que son titulaire ne remplit plus l'une des conditions fixées pour sa délivrance.
Elle peut être retirée par le préfet de département lorsque son titulaire a été condamné à une peine disciplinaire ou pénale liée à l'exercice des fonctions de marin, après avis de la commission locale, devant laquelle l'intéressé peut présenter ses observations.
Lorsque, après un accident de mer, l'enquête effectuée a mis en évidence à la charge du titulaire de la licence des faits prévus par l'article L. 5242-4, le préfet du département peut suspendre provisoirement la licence jusqu'au prononcé du jugement.