Sous réserve des dispositions de l'article R. 5312-82, le grand port maritime est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.

L'agent comptable produit, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, le compte financier et les pièces annexes au plus tard à l'expiration du deuxième mois suivant son approbation par le conseil de surveillance.

Pour l'application de l'article R. 5312-62, le commissaire du Gouvernement correspond directement pour les besoins du service avec le président du conseil de surveillance et avec le président du directoire.
Il prend connaissance des projets en préparation et de tous les documents qu'il juge nécessaires à l'exercice de ses missions.

Le commissaire du Gouvernement transmet au ministre chargé des ports maritimes ses observations sur le rapport annuel d'activité présenté au conseil de surveillance.
L'autorité chargée du contrôle économique et financier présente aux ministres chargés de l'économie et du budget un rapport annuel sur la situation économique et financière du grand port maritime. Ce rapport est transmis au directoire.
Le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier se communiquent leurs rapports respectifs avant la transmission aux ministres.

Lorsque les participations financières à céder, à prendre ou à étendre décidées en application de l'article L. 5312-3 sont d'un montant supérieur à un seuil fixé par arrêté conjoint des ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et du budget, l'approbation est faite conjointement par ces ministres. Cette approbation est réputée acquise à défaut d'opposition de l'un d'entre eux notifiée dans un délai de deux mois à compter de la date la plus tardive de réception de la demande par ces derniers.