Lorsque l'importance ou la nature des activités telles qu'elles sont définies par un décret en Conseil d'Etat le justifient, les institutions sont soumises au contrôle d'un ou de plusieurs commissaires aux comptes.
Elles nomment au moins un commissaire aux comptes et un suppléant, choisis sur la liste mentionnée à l'article 219 de la loi n° 66-537 du 24 juillet 1966 sur les sociétés commerciales, qui exercent leurs fonctions dans les conditions prévues par cette loi, sous réserve des adaptations rendues nécessaires par le statut juridique des institutions et qui sont fixées par décret en Conseil d'Etat.