Les circonscriptions et les règles de fonctionnement des caisses mutuelles régionales sont fixées par décret en Conseil d'Etat.
Les caisses sont en principe communes à l'ensemble des groupes de professions. Toutefois, il peut être créé des caisses compétentes pour un ou deux groupes de professions.
La circonscription d'une caisse peut comprendre un ou plusieurs départements.

Lorsque des caisses mutuelles régionales créées en application du présent titre sont appelées à fusionner, partiellement ou totalement, par le fait d'un regroupement de leurs circonscriptions, un décret fixe les modalités selon lesquelles sont attribués les biens, droits et obligations des caisses intéressées par cette fusion. Les opérations entraînées par ce transfert bénéficient de l'exonération prévue par l'article L. 615-23.

Les caisses mutuelles régionales peuvent se grouper en unions ou fédérations en vue de créer des oeuvres ou services d'intérêt commun.
Elles peuvent être tenues de le faire dans les conditions fixées par un arrêté ministériel, pris après avis de la caisse nationale mentionnée à l'article L. 611-4
Les unions ou fédérations sont constituées et fonctionnent dans les conditions fixées à l'article L. 611-2. Un décret détermine les modalités de leur organisation administrative et financière.

Les caisses mutuelles régionales sont tenues, dans les conditions prévues à l'article L. 97 du livre des procédures fiscales, d'adresser chaque année à l'administration des impôts un relevé récapitulatif par médecin, chirurgien-dentiste, sage-femme, auxiliaire médical et laboratoire d'analyses médicales, des feuilles de maladie et notes de frais remises par les assurés.