L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Par dérogation aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique mentionné ci-dessus, les disponibilités excédant les besoins de trésorerie peuvent également être déposées, suivant les modalités fixées par la convention prévue à l'article L. 225-1-3 du code de la sécurité sociale, auprès de l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale. Elles sont alors productives d'intérêts.

Deux commissions consultatives spécialisées assistent le directeur général de l'Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires pour répondre aux demandes du ministre chargé de la santé, notamment celles relatives aux moyens sanitaires nécessaires à la réponse aux situations sanitaires exceptionnelles et à la formation des professionnels de santé dans ce domaine.

Les commissions spécialisées mentionnées à l'article R. 3135-9-1 sont les suivantes :

1° Conduite et moyens sanitaires opérationnels ;

2° Formation spécialisée des professionnels de santé.

La composition de ces deux commissions est fixée par arrêté du ministre chargé de la santé.

Les membres et le président de chaque commission sont nommés par arrêté du ministre chargé de la santé pour une durée de trois ans non renouvelable.

La commission spécialisée "conduite et moyens sanitaires opérationnels” émet des avis et formule des recommandations techniques et opérationnelles sur les modalités d'intervention et les moyens nécessaires afin de préparer le système de santé aux situations sanitaires exceptionnelles.

Elle peut notamment :

1° Emettre toute proposition sur les moyens matériels susceptibles d'être mis en place auprès des professionnels de santé afin de faire face aux situations sanitaires exceptionnelles ;

2° Proposer des doctrines d'emploi de ces matériels et évaluer les besoins en formation des professionnels ;

3° Proposer des référentiels opérationnels pour l'intervention des professionnels de santé en cas de situation sanitaire exceptionnelle, notamment pour la prise en charge des victimes ;

4° Evaluer les moyens et les modes d'intervention des professionnels de santé mis en place pour faire face aux situations sanitaires exceptionnelles ;

5° Contribuer au recueil et à la diffusion des bonnes pratiques et des informations issues de la recherche et du développement dans le domaine des moyens de réponse aux situations sanitaires exceptionnelles.

La commission spécialisée "formation spécialisée des professionnels de santé” émet des avis et formule des recommandations sur les modalités de formation des professionnels de santé appelés à répondre aux situations sanitaires exceptionnelles.

Elle peut notamment :

1° Emettre un avis technique sur l'adéquation entre les recommandations pédagogiques et les évolutions scientifiques, techniques ou réglementaires ;

2° Proposer les référentiels de compétence requis pour les différents intervenants et les objectifs pédagogiques associés et proposer les dispositifs de formation adaptés ;

3° Contribuer au développement des référentiels de formation ;

4° Evaluer le suivi des formations dispensées dans les établissements de santé de référence et préparer un bilan national annuel.

Le secrétariat des commissions et la publication des avis et recommandations, sous réserve des secrets protégés par la loi, sont assurés selon des modalités précisées dans le règlement intérieur de ces commissions.

Le règlement intérieur de ces commissions peut prévoir également la création de comités techniques permanents ou de groupes de travail temporaires chargés de préparer les délibérations sur des questions particulières.

Ce règlement est approuvé par arrêté du ministre chargé de la santé.

Les commissions se réunissent à la demande du directeur général de l'Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires et au moins trois fois par an.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté des ministres chargés de la santé et du budget.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

La Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés verse à l'établissement, pour le compte des autres régimes d'assurance maladie, la contribution mentionnée au 5° de l'article L. 3135-4. Les modalités de versement sont définies par convention. Le remboursement par les autres régimes de leur quote-part de la contribution intervient au plus tard le 30 juin de chaque année.

A défaut de conclusion de la convention mentionnée au premier alinéa, les modalités de versement de la contribution sont fixées par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget. Jusqu'à la publication de cet arrêté, la Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés verse à l'établissement des acomptes mensuels égaux au douzième du montant fixé par la loi de financement de la sécurité sociale.