Le secrétaire général du haut conseil et le secrétaire général adjoint sont nommés par le garde des sceaux, ministre de la justice.
Le secrétaire général est chargé, sous l'autorité du président, de la gestion administrative du haut conseil, de la préparation et du suivi de ses travaux ainsi que de toute question qui pourrait lui être confiée. Il assure la direction des contrôleurs.A cette fin, il est assisté d'un directeur placé sous son autorité et recruté par le haut conseil après avis conforme de son collège.
Il est chargé de l'examen des documents retraçant les opérations de contrôle auxquelles la Compagnie nationale des commissaires aux comptes et les compagnies régionales ont procédé en application du b de l'article L. 821-7 et, lorsqu'elles ont été effectuées à la demande du haut conseil, du c du même article. Il peut participer à la mise en œuvre de ces contrôles et émettre des recommandations.
Il est en outre chargé de l'examen de toute question portant sur des cas individuels dont le haut conseil serait saisi.
Lorsque l'examen des documents ou des cas individuels mentionnés aux alinéas précédents fait apparaître une question de principe justifiant un avis du haut conseil, ou lorsque sa participation aux opérations de contrôle mentionnées au troisième alinéa fait apparaître une question de cette nature, le secrétaire général saisit le haut conseil après avoir instruit le dossier qu'il présente sous une forme anonyme.

Chaque année, le secrétaire général présente au Haut Conseil un rapport sur les contrôles auxquels il a été procédé en application du b de l'article L. 821-7. Il rend compte de ces contrôles en garantissant l'anonymat des situations évoquées.

Il peut saisir à toutes fins le procureur général compétent. Il peut saisir la Compagnie nationale des commissaires aux comptes de toute demande d'information complémentaire.

Hors le cas de la représentation en justice, qui appartient au président du haut conseil, il représente le haut conseil dans tous les actes de la vie civile.