Les établissements ou les installations sont divisées en zones de suivi physique ne présentant pas de recouvrement. Cette division couvre toutes les localisations où des matières nucléaires sont susceptibles d'être stockées ou utilisées. Une zone ne peut pas être commune à plusieurs installations. Cette division est décrite dans l'autorisation.
Les contrôles des entrées ou sorties de matières nucléaires des zones de suivi physique visent à assurer la connaissance des quantités et qualités des matières nucléaires détenues ou transférées.

Le système de suivi physique mis en place, pour chaque zone de suivi physique, en application de l'article R. 1333-11 du code de la défense :
1. Garantit la traçabilité des déplacements et des opérations effectués sur les matières nucléaires et de leur enregistrement ;
2. Fixe les modalités de délivrance des accords préalables aux déplacements et aux opérations sur les matières nucléaires dès lors que les quantités concernées sont supérieures aux seuils mentionnés à l'article R. 1333-9 du code de la défense ;
3. Permet de disposer des éléments nécessaires pour établir à tout moment la liste des articles en stock comprenant, pour chacun des articles, les données suivantes : la localisation, le type de conditionnement, l'identifiant de l'article, la nature et les masses de matières nucléaires contenues ou les informations permettant la détermination de ces masses. Dans le cas d'une zone de procédé, des bilans de matières tiennent lieu de liste d'articles en stock ;
4. Garantit que les déplacements et les opérations sur les matières nucléaires sont conformes en qualité et en quantité aux prescriptions fournies dans l'autorisation ;
5. Produit des informations requises pour la tenue de la comptabilité.

Il peut être dérogé aux prescriptions prévues dans le présent chapitre pour les matières contenues dans les éléments de structure des aéronefs et dans les appareils mobiles de contrôle ou de mesure.
Les modalités particulières de suivi physique applicables à ces matières sont décrites dans l'autorisation. Ce suivi physique permet, a minima, de contrôler les entrées et les sorties de ces matières de l'établissement ou de l'installation faisant l'objet de l'autorisation ainsi que de connaître à tout moment leur localisation dans l'établissement ou l'installation.