La direction du transport aérien comprend :

― la sous-direction du développement durable ;

― la sous-direction des services aériens ;

― la sous-direction des aéroports ;

― la sous-direction de la construction aéronautique ;

― la sous-direction de la sûreté et de la défense ;

― la sous-direction de l'Europe et de l'international ;

― la sous-direction des études, des statistiques et de la prospective.

Le directeur du transport aérien est le commissaire délégué aux transports aériens.