La sous-direction des affaires financières pilote les travaux relatifs au cadre de financement des mobilités et en assure la synthèse, en lien avec la direction des mobilités routières et la direction des transports ferroviaires et fluviaux et des ports.
Pour les programmes relevant de la responsabilité de la direction générale, et en liaison avec le secrétariat général, elle prépare les projets de lois de finances, elle élabore et exécute les budgets correspondants. Elle pilote la programmation et l'exécution du budget et organise les dialogues de gestion relatifs aux crédits avec les responsables de budgets opérationnels de programme, centraux et déconcentrés.
Elle exerce la tutelle de l'Agence de financement des infrastructures de transport de France. Elle tient à jour, en lien avec le conseil d'orientation des infrastructures, une programmation pluriannuelle des investissements dans les infrastructures de transport.
Elle pilote le processus de maîtrise des risques, de contrôle de gestion et de contrôle interne budgétaire et comptable. Elle contribue aux travaux pilotés par le secrétariat général visant à certifier les comptes de l'Etat.
Sans préjudice des attributions dévolues au secrétariat général, elle est chargée d'accompagner et soutenir les services de la direction générale pour la commande publique et de piloter la programmation et la performance des achats.