Il est interdit d'établir des liaisons directes entre les réseaux de collecte des effluents liquides devant subir un traitement ou être détruits et le milieu récepteur, à l'exception des cas accidentels où la sécurité des personnes ou des installations, serait compromise.
Les effluents liquides rejetés par les installations ne sont pas susceptibles de dégrader les réseaux ou de dégager des produits toxiques ou inflammables dans ces réseaux, éventuellement par mélange avec d'autres effluents. Ces effluents liquides ne contiennent pas de substances de nature à gêner le bon fonctionnement des ouvrages de traitement.
Les collecteurs véhiculant des eaux polluées par des liquides inflammables, ou susceptibles de l'être, sont équipés d'une protection efficace contre le danger de propagation de flammes.
Le plan des réseaux de collecte des effluents liquides fait apparaître les secteurs collectés, les points de branchement, regards, avaloirs, postes de relevage, postes de mesure, vannes manuelles et automatiques... Il est conservé dans le dossier d'exploitation, daté et mis à jour en tant que de besoin.

Les points de rejet dans le milieu naturel sont en nombre aussi réduit que possible.
Les ouvrages de rejet permettent une bonne diffusion des effluents liquides dans le milieu récepteur et une minimisation de la zone de mélange.
Les dispositifs de rejet des eaux résiduaires sont aménagés de manière à réduire autant que possible la perturbation apportée au milieu récepteur, aux abords du point de rejet, en fonction de l'utilisation de l'eau à proximité immédiate et à l'aval de celui-ci, et à ne pas gêner la navigation.

Sur chaque canalisation de rejet d'effluents liquides sont prévus un point de prélèvement d'échantillons et des points de mesure (débit, température, concentration en polluant...).
Ces points sont implantés dans une section dont les caractéristiques (rectitude de la conduite à l'amont, qualité des parois, régime d'écoulement, etc.) permettent de réaliser des mesures représentatives de manière que la vitesse n'y soit pas sensiblement ralentie par des seuils ou obstacles situés à l'aval et que l'effluent soit suffisamment homogène.
Ces points sont aménagés de manière à être aisément accessibles et permettre des interventions en toute sécurité.

Les eaux pluviales non polluées (EPnp) tombées sur des aires non imperméabilisées telles que sur des stocks de matériaux ou de déchets non dangereux inertes sont drainées par des fossés d'infiltration ou tout autre moyen équivalent. Ces dispositifs de drainage sont conçus pour éviter le passage d'engins sur ces eaux non souillées. Ces eaux non susceptibles d'entraîner des polluants peuvent être infiltrées dans le sol.
Les eaux pluviales polluées (EPp), notamment par ruissellement sur les voies de circulation, aires de stationnement, de chargement et déchargement, aires de stockages et autres surfaces imperméables, sont collectées par un réseau spécifique et traitées par un ou plusieurs dispositifs adaptés aux polluants en présence.
Lorsque le ruissellement sur l'ensemble des surfaces imperméables du site (toitures, aires de parkings, etc.), en cas de pluie correspondant au maximal décennal de précipitations, est susceptible de générer un débit à la sortie des ouvrages de traitement de ces eaux supérieur à 10 % du QMNA5 du milieu récepteur, l'exploitant met en place un ouvrage de collecte afin de respecter, en cas de précipitations décennales, un débit inférieur à 10 % de ce QMNA5.
En cas de rejet dans un ouvrage collectif de collecte, l'autorisation de déversement prévue à l'article L. 1331-10 du code de la santé publique fixe notamment le débit maximal.
Les eaux pluviales polluées (EPp), les eaux industrielles (EI) et les eaux usées (EU) ne peuvent être rejetées au milieu récepteur qu'après contrôle de leur qualité et si besoin traitement approprié. Leur rejet est étalé dans le temps en tant que de besoin en vue de respecter les valeurs limites fixées par le présent arrêté, sous réserve de la compatibilité des rejets présentant les niveaux de pollution définis ci-dessous avec les objectifs de qualité et de quantité des eaux visés au IV de l'article L. 212-1 du code de l'environnement.

Les rejets directs ou indirects d'eaux résiduaires vers les eaux souterraines sont interdits.