La commission ferroviaire d'aptitudes se réunit dans son ensemble pour faire des études et des recommandations et répondre à toute question se rapportant au dispositif de suivi des aptitudes physique et psychologique des conducteurs de train et à l'évolution de la réglementation.
Elle institue dans son règlement intérieur des formations adaptées, notamment pour instruire les affaires relevant de l'agrément des médecins et des psychologues ainsi que les recours portant sur les certificats d'aptitudes physique et psychologique des conducteurs de train. Le règlement intérieur prend en compte les exigences du secret médical.
En cas d'égalité des voix lors d'un vote, la voix du président est prépondérante.
Son secrétariat est assuré par les services du ministère chargé des transports.

I. ― Pour délivrer le certificat d'aptitude physique, le médecin doit être agréé au vu des conditions fixées à l'annexe I.
II. ― Pour délivrer le certificat d'aptitude psychologique, le psychologue doit être agréé au vu des conditions fixées à l'annexe I.
III. ― Le médecin ou le psychologue qui sollicite l'agrément adresse au ministre chargé des transports, sous pli recommandé avec accusé de réception ou contre décharge, un dossier dont le contenu est défini à l'annexe I et qui est établi en deux exemplaires rédigés en français, l'un en version papier et l'autre en version électronique.
Le ministre accuse réception du dossier au plus tard dans les sept jours suivant sa réception postale ou la décharge, conformément aux dispositions prévues à l'article R. 112-5 du code des relations entre le public et l'administration.
L'agrément doit être délivré dans un délai de quatre mois.
S'il est constaté que le dossier est incomplet, le ministre sollicite, au plus tard dans le mois suivant l'envoi de l'accusé de réception précité, la production des éléments manquants auprès du demandeur conformément aux dispositions de l'article L. 114-5 du code des relations entre le public et l'administration. Le délai d'instruction est alors suspendu.
Le ministre transmet le dossier à la commission ferroviaire d'aptitudes, qui dispose d'un délai de deux mois pour faire connaître son avis.
La commission peut demander dans ce délai toutes précisions ou compléments d'information qui lui paraissent utiles. Cette démarche ne suspend pas le délai d'instruction. Le refus éventuel opposé à une demande de précisions ou de compléments d'information ne peut constituer, à lui seul, un motif de refus de délivrance ou de renouvellement de l'agrément.
A l'issue de l'instruction de la demande, le ministre notifie sa décision au demandeur par courrier recommandé avec accusé de réception. En cas de refus de délivrance, de modification ou de renouvellement de l'agrément, le ministre motive sa décision.
La commission ferroviaire d'aptitudes peut proposer au ministre le retrait de l'agrément dès lors qu'une exigence mentionnée à l'annexe I n'est plus remplie.