Le secrétariat général du CSFM, dont les effectifs et les moyens sont fixés par le ministre de la défense, est dirigé par un membre du corps militaire du contrôle général des armées portant le titre de secrétaire général. Nommé par le ministre de la défense, il est rattaché au cabinet de ce dernier.
Le secrétariat permanent de chacun des CFM, dont les effectifs et les moyens sont fixés par le vice-président du conseil, est dirigé par un officier général ou supérieur portant le titre de secrétaire général. Il est désigné par le ministre de la défense sur proposition du vice-président du conseil, auquel il est directement subordonné. Le secrétaire général du CFM de la gendarmerie est désigné par le ministre de la défense sur proposition du ministre de l'intérieur.

Pour l'exécution des décisions du ministre de la défense, président du CSFM, le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire :
1° Etablit l'ordre du jour des réunions du conseil, par délégation du ministre de la défense et après accord de celui-ci, puis en assure la diffusion ;
2° Procède, en liaison avec les organismes intéressés de l'administration centrale, à l'étude préliminaire des questions, propositions, études et suggestions qui lui sont adressées, en vue de leur inscription éventuelle à l'ordre du jour du conseil ;
3° Planifie et organise les activités du conseil et l'étude des points inscrits à l'ordre du jour des travaux du conseil ;
4° Préserve la liberté d'expression au sein du conseil et veille au respect des garanties prévues dans les articles R. 4124-24 à R. 4124-25-1 du code de la défense ;
5° S'assure de la bonne rédaction des différents comptes rendus et veille à leur diffusion ainsi qu'à celle des communiqués et documents relatifs à l'activité du conseil ;
6° Procède, en liaison avec les organismes intéressés de l'administration centrale, au traitement des questions relatives à la condition militaire qui lui sont adressées par les militaires dans les conditions fixées à l'article 11 ci-dessous ;
7° Tient à jour et met à la disposition des membres du conseil toutes documentations et informations sur les domaines relevant de sa compétence, et notamment les réponses aux questions du conseil ;
8° Est responsable de l'organisation générale des opérations de désignation des membres du CSFM et des CFM, sous le contrôle de la commission prévue à l'article R. 4124-22 du code de la défense ; il assure la coordination de ces opérations en liaison avec le président de la commission précitée et les secrétaires généraux des CFM ;
9° Contribue personnellement à mieux faire connaître le rôle et l'action du conseil notamment au moyen d'actions de communication et lors des réunions tenues dans les formations et établissements auxquels il rend visite ;
10° Est garant de la régularité des processus de vote au sein du conseil.

Pour l'exécution des décisions du ministre de la défense, président de chaque CFM, le secrétaire général du conseil de la fonction militaire concerné :
1° Etablit l'ordre du jour des sessions du conseil, par délégation du ministre de la défense et après accord des ministres de la défense et de l'intérieur ou de l'une de ces deux autorités lorsque son contenu ne relève que de ses seules attributions, puis en assure la diffusion ;
2° Procède, en liaison avec les organismes intéressés de l'administration centrale, à l'étude préliminaire des questions, propositions, études et suggestions qui lui sont adressées, en vue de leur inscription éventuelle à l'ordre du jour du conseil ;
3° Planifie et organise les activités du conseil et l'étude des points inscrits à l'ordre du jour des sessions du conseil ;
4° Préserve la liberté d'expression au sein du conseil et veille au respect des garanties prévues dans les articles R. 4124-24 à R. 4124-25-1 du code de la défense ;
5° Rédige les différents comptes rendus et veille à leur diffusion ainsi qu'à celle des communiqués et documents relatifs à l'activité du conseil ;
6° Peut, en dehors des sessions, convoquer des membres du conseil en groupe de travail pour étudier notamment des thèmes particuliers relatifs au personnel militaire ;
7° Procède, en liaison avec les organismes intéressés de l'administration centrale, au traitement des questions relatives à la condition militaire qui lui sont adressées par les militaires dans les conditions fixées dans l'article 11 ci-dessous ;
8° Tient à jour et met à la disposition des membres du conseil toutes documentations et informations sur les domaines relevant de la compétence du conseil ;
9° Prépare et coordonne, sous la responsabilité du secrétaire général du CSFM et sous le contrôle de la commission prévue à l'article R. 4124-22 du code de la défense, les opérations de désignation des membres du CSFM et des CFM ;
10° Contribue personnellement à mieux faire connaître le rôle et l'action du conseil, notamment au moyen d'articles dans la presse militaire et lors des réunions tenues dans les formations et établissements auxquels il rend visite.

Le secrétaire général du CSFM assure la coordination de l'activité des secrétaires généraux des CFM pour tous les domaines relevant de la compétence du CSFM.
Il reçoit copie de l'ordre du jour, du communiqué et de l'avis des sessions de ces conseils et organise les réunions relatives à la préparation des travaux du CSFM.
En liaison avec les services du ministère de la défense, il assure le suivi des travaux du CSFM.
Il tient à jour tout indicateur permettant de rendre compte des préoccupations de la communauté militaire et d'évaluer la qualité des processus mis en œuvre dans le cadre de la concertation.

I. - Le secrétaire général du CSFM correspond directement avec le secrétariat général pour l'administration, le contrôle général des armées, la direction générale de l'armement, les états-majors, la direction générale de la gendarmerie nationale, les directions centrales et direction des services interarmées ainsi que les autres directions de l'administration centrale. Les autorités auxquelles s'adresse le secrétaire général lui répondent directement.
II. - Les secrétaires généraux des CFM correspondent directement avec les directions de l'administration centrale et les organismes relevant de leur armée, direction ou service ou ceux placés sous la tutelle de leur délégué général, chef d'état-major ou directeur. Les autorités auxquelles s'adressent les secrétaires généraux leur répondent directement.
III. - Les secrétaires généraux du CSFM et des CFM correspondent directement entre eux.

Sans préjudice des autres dispositions réglementaires, le secrétaire général du CSFM :
1° Note au premier degré les membres du CSFM au titre des forces armées et formations rattachées ou désignés pour représenter une association professionnelle nationale de militaires, conformément aux dispositions des articles R. 4124-25-1 et R. 4135-3 du code de la défense ;
2° Signe les avis relatifs au déroulement de carrière des membres du conseil, en coordination avec le commandant de formation administrative d'affectation, en application des dispositions des articles R. 4124-5-1 et R. 4124-25-1 du code de la défense ;
3° Autorise, en accord avec leur force armée ou formation rattachée d'appartenance, afin de maintenir ou renforcer leurs compétences professionnelles, la participation de ces membres à des activités de formation ou de préparation opérationnelle, en application des dispositions de l'article R. 4124-5-1 du code de la défense ;
4° Accorde les permissions à ces membres, en application des dispositions de l'article R. 4124-5-1 du code de la défense.