Le ministre de la défense préside le Conseil supérieur de la fonction militaire (CSFM). Il fixe la date des réunions du conseil et en arrête l'ordre du jour. Les travaux du conseil sont organisés en deux sessions semestrielles. Ils ne sont pas publics. Le secrétaire général organise et anime les travaux du conseil. Les réunions du conseil se déroulent en présentiel.
En cas d'impossibilité de réunir les membres du conseil dans un même lieu physique, notamment du fait de restrictions sanitaires, les réunions et les votes peuvent se tenir à distance.
A chaque session, il est organisé plusieurs réunions du conseil dont au moins une en présence de son président, dénommée séance plénière, à laquelle sont conviés les représentants du ministre de l'intérieur, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la fonction publique. Le quorum de soixante pour cent fixé à l'article R. 4124-19 du code de la défense doit être atteint à l'ouverture de chaque réunion ou séance plénière et séquence de vote.

Le ministre de la défense préside les conseils de la fonction militaire (CFM). Toutefois, le CFM de la gendarmerie nationale peut, en fonction de l'ordre du jour, être présidé soit par le ministre de la défense, soit par le ministre de l'intérieur, soit par ces deux ministres.
Le ministre de la défense fixe la date des sessions et en arrête l'ordre du jour. A sa demande, le délégué général pour l'armement, les chefs d'état-major de l'armée de terre, de la marine et de l'armée de l'air et de l'espace, le directeur général de la gendarmerie nationale, les directeurs centraux du service de santé des armées, du service du commissariat des armées et du service d'infrastructure de la défense et le directeur du service de l'énergie opérationnelle, vice-présidents, assurent la présidence effective du CFM de leur force armée ou formation rattachée. Les sessions ne sont pas publiques. En l'absence du président ou du vice-président, les secrétaires généraux organisent et animent les travaux des CFM.