Subordonné au directeur de l'enseignement militaire supérieur, le centre des hautes études militaires est dirigé par un officier général qui dispose d'un bureau "formation" et d'un bureau "relations extérieures et affaires générales".

Le centre des hautes études militaires prépare des officiers à l'exercice des plus hautes responsabilités dans les armées, en interarmées et en administration centrale.
Il est chargé de dispenser une formation de niveaux politico-militaire et stratégique qui concerne les domaines opérationnels, la préparation du futur, le management et l'organisation des armées ainsi que les aspects interministériels et internationaux des questions de défense et de sécurité. Il contribue à l'enrichissement des réflexions stratégiques sur ces questions.
Il est organisé en comités d'auditeurs.

Les auditeurs du centre des hautes études militaires sont nommés par décision du ministre de la défense sur proposition du chef d'état-major des armées.
Ils sont de droit auditeurs de la session nationale concomitante de l'Institut des hautes études de défense nationale à laquelle ils participent, notamment pour la diffusion et l'explication des concepts militaires de défense et de sécurité nationale.