Il est consulté au sein du conseil scientifique une délégation permanente composée de six membres nommés par le président de l'institut sur proposition du président du conseil scientifique.

Elle comprend notamment le président du conseil scientifique ou son représentant, le président de l'institut ou son représentant et deux représentants élus du personnel.

Cette délégation permanente délibère valablement si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés.

Cette délégation est chargée d'assurer les taches dévolues au conseil scientifique, telles que définies par :

- le décret du 30 décembre 1983 susvisé fixant les dispositions statutaires communes aux corps de fonctionnaires des établissements publics scientifiques et technologiques ;

- le décret du 28 décembre 1984 susvisé relatif au statut particulier des corps de fonctionnaires de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.

Le président ou son représentant assure le secrétariat du conseil.

Sur convocation de son président, le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an, en session ordinaire. Il peut également se réunir chaque fois que le président du conseil scientifique ou le président de l'institut le jugent nécessaire.
Le conseil scientifique ne délibère valablement que si la majorité de ses membres est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué, avec le même ordre du jour, dans un délai maximum de trois semaines.
Il délibère alors valablement sans condition de quorum. Les délibérations du conseil sont prises à la majorité simple des membres présents.
En cas de partage égal des voix, celle du président du conseil scientifique est prépondérante.
Le lieu, la date et l'heure ainsi que l'ordre du jour des séances sont portés par le président à la connaissance des membres du conseil au moins quinze jours à l'avance.