Sur convocation de son président, le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an, en session ordinaire. Il peut également se réunir chaque fois que le président du conseil scientifique ou le président de l'institut le jugent nécessaire.
Le conseil scientifique ne délibère valablement que si la majorité de ses membres est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué, avec le même ordre du jour, dans un délai maximum de trois semaines.
Il délibère alors valablement sans condition de quorum. Les délibérations du conseil sont prises à la majorité simple des membres présents.
En cas de partage égal des voix, celle du président du conseil scientifique est prépondérante.
Le lieu, la date et l'heure ainsi que l'ordre du jour des séances sont portés par le président à la connaissance des membres du conseil au moins quinze jours à l'avance.