L'exploitant prend toutes les dispositions nécessaires, dans la conception et l'exploitation de ses installations, pour assurer une bonne gestion des déchets produits. A cette fin, il met en œuvre successivement les dispositions suivantes :

- limiter à la source la quantité et la toxicité de ses déchets en adoptant des technologies propres ;
- trier, recycler, valoriser ses sous-produits de fabrication ;
- s'assurer du traitement ou du prétraitement de ses déchets, notamment par voie physico-chimique, biologique ou thermique ;
- s'assurer, pour les déchets ultimes dont le volume est strictement limité, d'un stockage dans les meilleures conditions possibles.

Les déchets produits par l'installation sont entreposés dans des conditions prévenant toute dégradation qui remettrait en cause leur valorisation ou élimination appropriée.
L'exploitant conserve l'attestation mentionnée à l'article D. 543-284 du code de l'environnement ou la preuve de la valorisation de ces déchets par lui-même ou par une installation de valorisation à laquelle il a confié directement ses déchets. Les déchets dangereux font l'objet de bordereaux de suivi qui sont conservés.
Le brûlage des déchets liquides, solides et gazeux est interdit sur le site.

I. - L'installation possède un dispositif de prétraitement des effluents produits comportant, au minimum, un dégrillage et, le cas échéant, un tamisage, un dessablage et un dégraissage. Le dégrillage est équipé d'ouvertures ou de mailles dont la taille n'excède pas 6 mm ou de systèmes équivalents assurant que la taille des particules solides des eaux résiduaires qui passent au travers de ces systèmes n'excède pas 6 millimètres. Tout broyage, macération ou tout autre procédé pouvant faciliter le passage de matières animales au-delà du stade de prétraitement est exclu. Ce dispositif est conçu de manière à faire face aux variations de débit, de température ou de composition des effluents à traiter, en particulier à l'occasion du démarrage ou de l'arrêt des installations.
Le type de dégrillage utilisé, le temps de séjour des effluents stockés et la fréquence d'entretien de ces dispositifs sont adaptés en conséquence.
Les installations de prétraitement sont correctement entretenues. Elles sont équipées de dispositifs permettant des prélèvements dans les rejets et des mesures de leur débit dans de bonnes conditions.
Si une indisponibilité est susceptible de conduire à un dépassement des valeurs limites imposées, l'exploitant prend les dispositions nécessaires pour réduire la pollution émise en réduisant ou arrêtant si besoin les opérations concernées.
Les effluents ne doivent pas contenir de substances nocives en quantités suffisantes pour inhiber le processus biologique des dispositifs d'épuration.
II. - Les déchets et les sous-produits animaux fermentescibles, y compris ceux récupérés en amont du dégrillage, sont conservés dans des locaux ou dispositifs adaptés pour éviter les odeurs, le contact avec les eaux pluviales et l'accès à ces matières par d'autres animaux.
Les cadavres, déchets et sous-produits fermentescibles non destinés à la consommation humaine sont enlevés ou traités à la fin de chaque journée de travail s'ils sont entreposés à température ambiante. Tout entreposage supérieur à 24 heures est réalisé dans des locaux ou dispositifs assurant leur confinement, le cas échéant réfrigérés.
III. - Toutes dispositions sont prises pour limiter les quantités de déchets produits, notamment en effectuant toutes les opérations de valorisation possibles et économiquement acceptables.
Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations habilitées à les recevoir dans des conditions fixées par la réglementation en vigueur, notamment en ce qui concerne l'élimination des sous-produits animaux.
Les sous-produits animaux de l'installation sont entreposés dans des conditions ne présentant pas de risques (prévention des envols, des ruissellements, des infiltrations dans le sol, des odeurs…) pour les populations environnantes, humaines et animales, et l'environnement. Ils sont éliminés ou valorisés conformément à la réglementation en vigueur.
Les matériels et outils jetables utilisés susceptibles d'être souillés par des matériels à risques spécifiés doivent être éliminés conformément aux dispositions des articles R.1335-1 et suivants du code de la santé publique.
IV. - Les matières recueillies lors des traitements des effluents ainsi que les boues de curage des canalisations situées en amont du prétraitement sont collectées, transportées et éliminées conformément au règlement du 21 octobre 2009 susvisé.