Les militaires du SEO faisant l'objet d'une inaptitude définitive peuvent demander à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude selon les modalités prévues par l'arrêté du 21 avril 2022 relatif à la détermination et au contrôle de l'aptitude médicale à servir du personnel militaire.

Après avis des médecins, commissions ou conseils compétents, le directeur du service de l'énergie opérationnelle (DSEO) peut accorder une autorisation à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude.

En cas de refus de l'autorisation à servir par dérogation, la sous-direction ressources humaines de la direction du SEO propose aux autres forces armées et formations rattachées (FAFR) d'étudier la possibilité de réorienter les militaires concernés vers une spécialité dans laquelle ils possèdent des aptitudes.