Le directeur central du service de santé des armées établit les règles d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention. Il veille à leur mise en oeuvre et prend les mesures nécessaires à l'amélioration de leur efficacité.
Il assure cette mission en cohérence avec la politique de santé et de sécurité au travail qu'anime et coordonne le directeur de la fonction militaire et du personnel civil. Il est obligatoirement consulté sur les textes qui organisent, au ministère de la défense, la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ou qui ont trait à la santé et à la sécurité au travail dès lors qu'ils contiennent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et le fonctionnement du service de médecine de prévention du département.
Il centralise et exploite, en liaison avec l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées, l'information relative à la médecine de prévention, notamment par le recueil des plans d'organisation et des rapports annuels de synthèse élaborés par les directions régionales du service de santé des armées.

Le directeur régional du service de santé des armées organise et gère le service régional de médecine de prévention implanté sur le territoire de son ressort. A cet effet et après consultation des autorités dont relèvent les organismes concernés, il établit le plan d'organisation des secteurs médicaux géographiques et des centres de médecine de prévention qui lui sont subordonnés.
Il fixe les moyens en personnel et en matériel, gère le personnel et assure le financement du service régional de médecine de prévention, notamment les frais de fonctionnement des centres de médecine de prévention (fournitures de bureau, factures téléphoniques et internet, carburants, documentation technique et abonnements), de même que le paiement des examens complémentaires prescrits au personnel.
Il passe les marchés avec les prestataires de services dans le domaine de la médecine de prévention.
Il s'assure du bon fonctionnement des centres de médecine de prévention, dont il coordonne les activités, et veille à l'application des dispositions réglementaires relatives à la médecine de prévention.
Il élabore chaque année un rapport de synthèse régional d'activité des centres de médecine de prévention implantés dans son ressort territorial.
Le directeur régional du service de santé des armées dispose d'un praticien des armées qualifié en médecine du travail, désigné par le directeur central du service de santé des armées et expert régional pour tous les aspects techniques de la médecine de prévention. Il reçoit les directives techniques de la direction centrale du service de santé des armées et apporte son concours à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.
L'expert régional en médecine de prévention intervient, dans son domaine de compétence, au profit des médecins de prévention et des autorités de commandement locales et régionales.

A l'échelon local, le centre de médecine de prévention est dirigé par un médecin de prévention. Ce dernier est chargé de la mise en oeuvre technique de la médecine de prévention au bénéfice du personnel civil d'un ou plusieurs organismes. Dans ce cadre, il doit consacrer au moins le tiers de son temps à l'accomplissement des actions qu'il mène en milieu de travail.
Le médecin de prévention rédige annuellement un rapport d'activité qui est transmis à la direction régionale du service de santé des armées et à chaque chef d'organisme pour ce qui le concerne.