Le directeur central du service de santé des armées établit les règles d'organisation et de fonctionnement du service de médecine de prévention. Il veille à leur mise en oeuvre et prend les mesures nécessaires à l'amélioration de leur efficacité.

Il assure cette mission en cohérence avec la politique de santé et de sécurité au travail qu'anime et coordonne le directeur de la fonction militaire et du personnel civil. Il est obligatoirement consulté sur les textes qui organisent, au ministère de la défense, la prévention des accidents du travail et des maladies professionnelles ou qui ont trait à la santé et à la sécurité au travail dès lors qu'ils contiennent des dispositions ayant des implications médicales ou des répercussions sur l'organisation et le fonctionnement du service de médecine de prévention du département.

Il centralise et exploite, en liaison avec l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées, l'information relative à la médecine de prévention, notamment par le recueil des plans d'organisation et des rapports annuels de synthèse élaborés par les directions régionales du service de santé des armées.