Sans préjudice de l'application de l'article R. 543-99 du code de l'environnement, tout opérateur intervenant au sein d'un établissement dont les activités relèvent du secret de la défense nationale doit être habilité au secret de la défense nationale en application des articles R. 2311-7 et R. 2311-8 du code de la défense. Les entités intervenant au titre de ces opérateurs doivent être habilitées selon les mêmes termes.

Dans le cadre de la déclaration annuelle visée à l'article R. 543-100 du code de l'environnement, l'opérateur habilité ne peut délivrer d'informations que dans la mesure où celles-ci ne nuisent pas à la protection du secret de la défense nationale. Cette déclaration n'est adressée à l'organisme agréé que lorsque l'opérateur en a reçu l'autorisation de l'autorité ayant délivré l'habilitation au secret de la défense nationale.