Le ministre de la défense préside les conseils de la fonction militaire. Toutefois, le conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale peut, en fonction de l'ordre du jour, être présidé soit par le ministre de la défense, soit par le ministre de l'intérieur, soit par ces deux ministres.
Il fixe la date des sessions et en arrête l'ordre du jour. A sa demande, le délégué général pour l'armement, les chefs d'état-major de l'armée de terre, de la marine et de l'armée de l'air, le directeur général de la gendarmerie nationale, les directeurs centraux du service de santé des armées, du service de l'énergie opérationnelle, du service du commissariat des armées et du service d'infrastructure de la défense, vice-présidents, assurent la présidence effective du conseil de la fonction militaire de leur force armée ou formation rattachée. Les sessions ne sont pas publiques. En l'absence du président ou du vice-président, les secrétaires généraux organisent et animent les travaux des conseils de la fonction militaire.