La sous-direction des entreprises de transport aérien et des dessertes de service public prépare et met en oeuvre la politique et la réglementation relatives aux transporteurs aériens ayant leur siège social ou leur principal établissement en France ; sous réserve des compétences dévolues aux services déconcentrés, elle délivre les licences d'exploitation et les autorisations d'exploitation de services aériens et assure le suivi économique et financier de ces transporteurs.

Elle définit et met en oeuvre la politique d'aménagement du territoire en matière de desserte aérienne et en particulier la politique relative aux liaisons aériennes faisant l'objet d'obligations de service public. Elle assure la gestion de l'intervention financière de l'Etat sur ces liaisons.

Elle définit et applique la réglementation relative à l'immatriculation des aéronefs civils et aux droits sur les aéronefs. Elle tient le registre français d'immatriculation prévu à l'article L. 121-2 du code de l'aviation civile, y inscrit les opérations afférentes et assure la publicité des informations figurant au registre.