La sous-direction du soutien et du pilotage territorial est chargée :

- de piloter le contrôle de gestion et le contrôle interne financier de la direction et des services territoriaux relevant de la filière de la police aux frontières ;
- d'assurer le pilotage des services territoriaux de métropole et d'outre-mer. Elle assure une mission permanente d'amélioration de l'efficacité et de l'efficience de l'organisation et du fonctionnement des services de la police aux frontières, en veillant à la bonne allocation des moyens mis à disposition de la filière ;
- d'assurer la gestion des emplois et des compétences des agents de la filière « police aux frontières » ;
- d'assurer l'élaboration et le suivi des formations métiers liées aux missions de la police aux frontières ;
- d'élaborer la doctrine et les méthodologies applicables aux métiers de la police aux frontières ;
- d'assurer des missions d'audit et de contrôle interne des services de la police aux frontières ;
- d'assurer le soutien opérationnel des agents de la direction nationale en matière de ressources humaines, budgétaires et d'équipement. Elle suit également l'allocation des moyens humains, budgétaires et techniques mis en œuvre spécifiquement pour les métiers de la police aux frontières dans les services territoriaux.