L'opérateur de transport autorisé assure la sécurité des transports en mettant en œuvre des fonctions de sécurité, suivant une approche graduée correspondant à la nature et à la catégorie des matières transportées ainsi qu'au mode de transport utilisé, conformément aux articles R. 1333-13 et R. 1333-14 du code de la défense.

Ces fonctions de sécurité sont constituées de mesures techniques, organisationnelles et humaines visant à prévenir, détecter, signaler et retarder, pendant toute la durée du transport, les actes de malveillance, définis à l'article R. 1333-1 du code de la défense, notamment le vol, le détournement et tout acte visant à altérer, détériorer ou disperser des matières nucléaires, et à en limiter les conséquences.

Pour les transports routiers de matières nucléaires de catégories I et II, à l'exception du combustible irradié, les fonctions de sécurité comprennent également l'intervention.