Le troisième cycle court a une durée d'un an. Il est consacré à l'approche globale du patient et à la préparation à l'exercice autonome de la profession. Les enseignements du troisième cycle sont théoriques, dirigés et pratiques, et comprennent des enseignements cliniques. Le volume horaire ne peut être inférieur à 850 heures, dont au moins 450 heures d'enseignements cliniques. L'assiduité aux enseignements dirigés, aux enseignements pratiques ainsi qu'aux enseignements cliniques est obligatoire.

L'enseignement comprend les matières figurant sur la liste de l'article 13, ainsi qu'une formation appliquée de spécialisation et préparant directement à la vie professionnelle. Cette formation a également pour objet l'acquisition de connaissances approfondies dans des domaines complémentaires de la formation dispensée en deuxième cycle, ainsi que l'acquisition de techniques destinées à favoriser l'exercice de la chirurgie dentaire. Cette formation comprend notamment l'économie de la santé, la psychologie, l'ergonomie, l'informatique, la déontologie et la réglementation professionnelle, des notions de gestion et de comptabilité, de droit civil et de droit de la sécurité sociale.
Dans la limite du volume horaire global prévu à l'article 24, des enseignements complémentaires, laissés au choix de l'étudiant, doivent être organisés. Ces enseignements ne peuvent excéder 90 heures.

Les enseignements sont organisés soit par ensembles disciplinaires annuels, soit par modules de 60 à 90 heures.
Sur avis du conseil de l'unité de formation et de recherche, le conseil des études et de la vie universitaire propose au conseil d'administration de l'université les modalités d'organisation des enseignements de la sixième année d'études.

Dans la limite de l'horaire global défini à l'article 24 les étudiants accomplissent des stages cliniques de participation aux fonctions hospitalières suivant des modalités prévues à l'article 10 du présent arrêté. Ces stages peuvent se dérouler en dehors des centres de soins, d'enseignement et de recherche dentaires pour une durée n'excédant pas un semestre. Les étudiants doivent également participer à des actions de prévention d'intérêt général ou de santé publique qui ne peuvent excéder 100 heures. Ils peuvent accomplir des stages hospitaliers hors des services d'odontologie, d'une durée maximale de 100 heures. Ces stages se déroulent dans des services qui n'ont pas été choisis par eux pendant le deuxième cycle.

A compter de l'année universitaire 2006-2007, tous les étudiants accomplissent, au cours du troisième cycle court et dans la limite du volume horaire global prévu à l'article 24 ci-dessus, un stage actif d'initiation à la vie professionnelle d'une durée minimale de 200 heures, chez un chirurgien-dentiste, appelé maître de stage agréé. Ce stage doit permettre à l'étudiant de mettre en application, dans le cadre d'une autonomie contrôlée, les connaissances théoriques, pratiques et cliniques acquises au cours des études odontologiques.
Le stage est effectué soit à temps plein, soit à temps partiel.
Le maître de stage ne peut accueillir qu'un seul stagiaire à la fois.
Le maître de stage doit justifier d'au moins cinq années d'exercice professionnel. Il est agréé par le directeur de l'unité de formation et de recherche d'odontologie après avis du conseil départemental de l'ordre des chirurgiens-dentistes. Il doit signer un contrat pédagogique avec le directeur de l'unité de formation et de recherche d'odontologie ; ce contrat fixera les objectifs pédagogiques du stage, les critères d'évaluation et les modalités pratiques du stage.
Les conditions dans lesquelles l'étudiant effectue son stage sont fixées dans le cadre d'une convention. Cette convention doit être conforme à un modèle type établi par arrêté du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Le directeur de l'unité de formation et de recherche d'odontologie peut suspendre le stage ou y mettre fin de sa propre initiative ou à la demande soit du maître de stage, soit de l'étudiant.
A l'issue du stage, le maître de stage adresse au directeur de l'unité de formation et de recherche d'odontologie son appréciation sur le stagiaire par le biais du carnet de stage. La validation du stage est prononcée par le directeur de l'unité de formation et de recherche, après avis du maître de stage.

Les étudiants soutiennent à la fin de la sixième année d'études une thèse devant un jury désigné par le président de l'université sur proposition du directeur de l'unité de formation et de recherche d'odontologie dans laquelle ils sont inscrits. Le directeur de l'unité de formation et de recherche peut faire appel à un enseignant d'une autre unité de formation et de recherche pour compléter le jury.
Ce jury comprend au moins quatre membres, dont obligatoirement trois enseignants des unités de formation et de recherche d'odontologie se répartissant de la manière suivante :
Un professeur des universités, praticien hospitalier des centres de soins, d'enseignement et de recherche dentaires, ou un professeur du premier grade de chirurgie dentaire, odontologiste des services de consultations et de traitements dentaires, président ;
Trois autres membres dont au moins deux personnels enseignants et hospitaliers titulaires des centres de soins, d'enseignement et de recherche dentaires, toutefois l'un de ces membres peut être un assistant hospitalier universitaire.
La thèse consiste en un mémoire dactylographié rédigé en français et préparé sous la conduite d'un directeur de thèse. Le sujet de la thèse doit être approuvé par le directeur de l'unité de formation et de recherche d'odontologie.

La validation du troisième cycle court des études odontologiques implique la validation de la totalité des enseignements théoriques, des enseignements dirigés, des travaux pratiques, des enseignements cliniques, des stages et des enseignements optionnels prévus aux articles 24 à 28 du présent arrêté.
La validation des enseignements peut se faire au moyen d'un contrôle des connaissances sur l'ensemble des disciplines enseignées ou par modules capitalisables.
Le diplôme d'Etat de docteur en chirurgie dentaire est délivré aux étudiants ayant validé l'ensemble des enseignements des trois cycles de formation et ayant soutenu leur thèse avec succès.

Les internes qui abandonnent leurs fonctions en cours d'internat doivent valider la sixième année d'études odontologiques. Des aménagements d'études et des équivalences d'enseignement peuvent leur être accordés par le directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations odontologiques.