La sous-direction de la protection du ministère est chargée, au sein du ministère, de l'application des procédures de protection du secret de la défense nationale.

Elle définit la politique de sécurité des systèmes d'information du ministère. Dans ce domaine, elle est chargée de l'analyse des risques, de la veille et de l'alerte sur les événements de sécurité, ainsi que de la spécification et du contrôle des dispositifs de protection.

Elle définit la politique de protection des personnes, des biens et des activités au sein du ministère.

La mission de sécurité et de défense anime l'action territoriale en matière de sécurité des secteurs d'activité d'importance vitale. Elle s'assure de l'élaboration et de la mise en œuvre des politiques de sécurité dans le secteur d'importance vitale " activités civiles de l'Etat ” .

Elle est chargée, en ce qui concerne le ministère, de l'élaboration, de l'actualisation et du suivi du plan gouvernemental de vigilance, de prévention et de protection. Elle élabore les instructions en vue de l'application territoriale de ce plan.

La mission de l'intelligence économique anime le dispositif territorial d'intelligence et de sécurité économiques.