La direction de la modernisation et de l'action territoriale comprend :

-la sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils ;

-la sous-direction de l'administration territoriale ;

-la sous-direction de la circulation et de la sécurité routières ;

- le bureau des élections et des études politiques.

Le bureau des élections prépare, met en œuvre et codifie la législation relative aux élections politiques et au financement de la vie politique. Il organise les élections politiques, traite les contentieux afférents et représente le ministre devant les juridictions compétentes. Il assure une mission d'analyse politique.

La sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils est chargée de la gestion, de l'évaluation et du suivi des besoins en termes d'emploi, d'effectifs, de compétences, et du management de ces différents corps.

La sous-direction de l'administration territoriale est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat. Elle attribue les moyens de fonctionnement des préfectures et sous-préfectures.

Elle met en oeuvre les mesures de modernisation des préfectures et sous-préfectures et anime les réflexions relatives à leurs missions. Elle suit les dossiers concernant la réforme de l'Etat.

Elle veille au respect des principes de l'organisation déconcentrée de l'Etat et assure la mise en oeuvre et le suivi de la déconcentration.

Elle garantit la mise en oeuvre des programmes relatifs à l'administration territoriale, hors police, placés sous l'autorité du ministre.

Elle assure la gestion du Fonds européen de développement régional et le suivi de la mise en oeuvre des programmes d'aides de l'Union européenne.

Elle exerce une mission de coordination des mesures relatives à l'organisation et aux compétences des services déconcentrés de l'Etat dans les régions et les départements.

La sous-direction de la circulation et de la sécurité routières est chargée de préparer les textes dont elle suit l'application dans les domaines concernant la circulation et la sécurité routières et de rassembler les informations statistiques s'y rapportant.
Elle est chargée de traiter les opérations d'immatriculation des cyclomoteurs et de délivrer les certificats d'immatriculation des cyclomoteurs à deux roues.
Elle assure également la direction du service du fichier national des permis de conduire, chargé de centraliser les renseignements relatifs aux permis de conduire des véhicules terrestres à moteur délivrés par l'autorité civile et toutes les décisions administratives ou judiciaires venant en restreindre la validité et de communiquer les renseignements concernant les permis de conduire aux autorités habilitées par la loi à les demander.
Elle prépare les décisions individuelles relevant de la compétence du ministre dans les matières énumérées.