L'école doctorale est dirigée par un directeur assisté d'un conseil.
Le directeur de l'école doctorale est choisi, en son sein, parmi ses membres habilités à diriger des recherches, parmi les professeurs et personnels assimilés au sens de l'article 6 du décret n° 92-70 du 16 janvier 1992 relatif au Conseil national des universités et de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987 relatif au Conseil national des universités pour les disciplines de santé, ou parmi les enseignants de rang équivalent qui ne relèvent pas du ministère chargé de l'enseignement supérieur, ou parmi les personnels des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de recherche et des fondations de recherche, habilités à diriger des recherches. Il est nommé pour la durée de l'accréditation. Son mandat peut être renouvelé une fois.
Lorsqu'une école doctorale relève d'un seul établissement, le directeur de l'école doctorale est nommé par le chef d'établissement après avis de la commission de la recherche du conseil académique, ou de l'instance qui en tient lieu, et du conseil de l'école doctorale.
Lorsqu'une école doctorale relève de plusieurs établissements, les chefs d'établissement désignent conjointement le directeur dans les conditions définies par la convention qui les lie, après avis des commissions de la recherche des conseils académiques, ou des instances qui en tiennent lieu, dans les établissements concernés, et du conseil de l'école doctorale.

Le directeur de l'école doctorale met en œuvre le programme d'actions de l'école doctorale, et présente chaque année un rapport d'activité devant la commission de la recherche du conseil académique, ou de l'instance qui en tient lieu dans les établissements concernés.

Le directeur de l'école doctorale et du collège doctoral, lorsque celui-ci existe, présente également un rapport d'activité sur les activités mutualisées de l'article 3 dans les mêmes conditions.

Le cas échéant, le directeur de l'école doctorale saisit le dispositif de signalement des actes de violence, de discrimination, de harcèlement moral ou sexuel et des agissements sexistes prévu à l'article L. 135-6 du code général de la fonction publique.

Chaque chef d'établissement propose à la commission de la recherche du conseil académique ou à l'instance qui en tient lieu l'attribution des financements propres de l'établissement pouvant être alloués aux doctorants inscrits dans l'établissement. Le directeur de l'école doctorale présente chaque année la liste des doctorants bénéficiaires de financements devant le conseil de l'école doctorale et en informe la commission de la recherche du conseil académique, ou de l'instance qui en tient lieu, dans les établissements concernés.

Le conseil de l'école doctorale adopte le programme d'actions de l'école doctorale. Il gère, par ses délibérations, les affaires qui relèvent de l'école doctorale.

Le conseil comprend de douze à vingt-six membres. Soixante pour cent de ses membres sont des représentants des établissements, des unités de recherche concernées, dont au moins deux représentants des personnels ingénieurs, administratifs ou techniciens.

Il est complété, à hauteur de 20 % du total des membres du conseil, arrondi s'il y a lieu à l'unité inférieure, par des doctorants élus parmi et par les doctorants inscrits à l'école doctorale ; et pour le reste, sur proposition des membres du conseil de l'école doctorale, par des membres extérieurs à l'école doctorale choisis parmi les personnalités qualifiées, dans les domaines scientifiques et dans les secteurs socio-économiques ou culturels concernés.

Sa composition doit permettre une représentation équilibrée des femmes et des hommes. Les règles relatives à l'élection et à la nomination des membres du conseil sont définies suivant des modalités adoptées par le conseil d'administration de l'établissement ou des établissements concernés par l'accréditation.