Sous la responsabilité des établissements accrédités, les écoles doctorales ou les collèges doctoraux organisent la formation des doctorants et les préparent à leur activité professionnelle à l'issue de la formation doctorale. Ils regroupent des unités de recherche d'un ou de plusieurs établissements.

Une unité de recherche est rattachée à une seule école doctorale. Un rattachement à plusieurs écoles doctorales est également possible et donne lieu, le cas échéant, à la mise en place d'une convention.

Le périmètre des écoles doctorales tient compte du périmètre des regroupements prévus par l'article L. 718-2 du code de l'éducation. Une école doctorale peut, le cas échéant, associer des unités de recherche relevant d'établissements n'appartenant pas au regroupement, après avis du conseil académique ou de l'organe en tenant lieu, de la communauté d'universités ou d'établissements, ou des établissements membres du regroupement.

Dans un objectif d'attractivité, les établissements accrédités peuvent dénommer leurs écoles doctorales sous la forme qui leur paraît souhaitable pour valoriser leurs compétences scientifiques spécifiques et les rendre visibles vis-à-vis des étudiants français et étrangers.

A cette même fin, les établissements peuvent construire des programmes de formation et de recherche qui intègrent de façon coordonnée masters, formations doctorales et unités de recherche.

Sous la responsabilité des établissements accrédités, les écoles doctorales :

1° Mettent en œuvre une politique d'admission des doctorants en leur sein, fondée sur des critères explicites et publics, informent les étudiants sur les conditions d'accès, les compétences requises, les financements susceptibles d'être obtenus, la nature, la qualité et les taux d'activité professionnelle après l'obtention du doctorat. Elles participent à la recherche des financements, en proposent l'attribution afin de permettre aux doctorants de préparer et de soutenir leur thèse dans les meilleures conditions ;

2° Organisent et coordonnent les formations doctorales ;

3° Organisent les échanges scientifiques entre doctorants et avec la communauté scientifique ; proposent aux doctorants des activités de formation favorisant l'interdisciplinarité et l'acquisition d'une culture scientifique élargie incluant la connaissance du cadre international de la recherche ;

4° Veillent à ce que chaque doctorant reçoive une formation à l'éthique de la recherche et à l'intégrité scientifique ;

5° Sensibilisent les doctorants aux enjeux de la science ouverte et de la diffusion des travaux de recherche dans la société pour renforcer les relations entre les scientifiques et les citoyens ;

6° Assurent une démarche qualité de la formation en mettant notamment en place des comités de suivi individuel du doctorant et proposent aux directeurs de thèse, codirecteurs de thèse et à toutes les personnes encadrant ou participant au travail du doctorant une formation ou un accompagnement spécifique visant à prévenir toute forme de discrimination et de violence ;

7° Définissent et mettent en œuvre des dispositifs d'appui à la poursuite du parcours professionnel après l'obtention du doctorat dans les secteurs public et privé et organisent en lien avec les services des établissements concernés le suivi des parcours professionnels des docteurs formés. Elles participent aux enquêtes nationales organisées par le ministère en charge de l'enseignement supérieur et de la recherche ainsi qu'à l'élaboration du rapport mentionné au 11° de l'article L. 712-2 du code de l'éducation et en diffusent publiquement et en accès ouvert les résultats de leur périmètre ;

8° Contribuent à une ouverture européenne et internationale, dans le cadre d'actions de coopération conduites avec des établissements d'enseignement supérieur ou des centres de recherche étrangers ;

9° Formulent un avis sur les demandes de rattachement d'unités ou d'équipes de recherche.

Sous la responsabilité des établissements accrédités, les écoles doctorales mettent en place des dispositifs spécifiques afin d'organiser une évaluation des cursus et des activités de formation qu'elles proposent, notamment au moyen d'enquêtes régulières auprès des doctorants. Cette évaluation est organisée dans le respect des dispositions des statuts des personnels concernés.
Dans le cadre d'une démarche d'amélioration continue du cursus, les résultats des évaluations font l'objet de présentations et de débats au sein du conseil de l'école doctorale. Ils sont transmis à la commission de la recherche du conseil académique ou de l'instance qui en tient lieu.

Un établissement public d'enseignement supérieur peut être accrédité à délivrer le doctorat dans le cadre d'une école doctorale reconnue par le ministère chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche s'il dispose de capacités de recherche et d'un potentiel d'encadrement doctoral, s'il participe de façon significative à l'animation scientifique et pédagogique d'une école doctorale ou s'il contribue à y développer une spécialité scientifique spécifique.

L'arrêté d'accréditation d'un établissement public d'enseignement supérieur emporte habilitation de ce dernier à délivrer le diplôme de doctorat dans les spécialités concernées, seul ou conjointement. Ce même arrêté mentionne, après évaluation périodique de la formation doctorale relevant du périmètre de chaque école doctorale, réalisée ou validée par le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, la liste des écoles doctorales autorisées à accueillir des doctorants en vue de leur formation doctorale, ainsi que le ou les champs disciplinaires concernés. La définition des spécialités de doctorat relève de la compétence de chaque établissement.

Des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de formation ou de recherche et des fondations de recherche peuvent participer à une école doctorale en accueillant des doctorants de cette école au sein d'unités de recherche évaluées par le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur ou par d'autres instances dont il valide les procédures. Cette participation est soumise à l'approbation de la commission de la recherche du conseil académique de l'établissement de rattachement de l'école doctorale ou de l'instance en tenant lieu, après avis du conseil de l'école doctorale et sur proposition de son directeur.

La demande d'accréditation comprend, le cas échéant, les modalités de coopération entre l'ensemble des établissements d'enseignement supérieur et de recherche publics concourant à l'école doctorale, telles que définies par une ou plusieurs conventions, ainsi que la liste des unités de recherche relevant de cette école doctorale.

Afin de garantir la connaissance la plus large possible de l'offre de formation doctorale, un annuaire national des écoles doctorales est mis à jour annuellement par le ministre chargé de de l'enseignement supérieur et de la recherche.