Le paiement des aides est assuré par le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA).

Le versement des aides est annuel en application du règlement (CE) n° 1257/1999 du 17 mai 1999. Il s'effectue sur présentation des pièces justificatives demandées.

Toutes les pièces justificatives doivent être transmises dès le départ du troupeau des communes situées à l'intérieur du premier ou du deuxième cercle au plus tard le 15 janvier de l'année suivant l'année de l'engagement ou de celle de la confirmation annuelle d'engagement.