La purification des coquillages est pratiquée dans les centres possédant des bassins insubmersibles et, sauf dérogation du service d'inspection, couverts. Le fond et les parois de ces bassins et d'éventuels réservoirs d'eau sont lisses, durs et faciles à nettoyer par brossage ou utilisation d'eau sous pression. Le fond des bassins a une inclinaison adéquate et dispose d'écoulements suffisants.
Pour la purification, les bassins disposent d'eau de mer propre, rendue propre ou, avec l'accord du service d'inspection, préparée à partir d'eau potable et des principaux constituants chimiques de l'eau de mer.

La purification des coquillages provenant des zones B peut être pratiquée dans des centres répondant aux conditions générales et particulières, définies aux articles 2 à 7 précédents. Toutefois, les centres de purification contigus à des centres d'expédition gérés par un même exploitant peuvent être dispensés des obligations générales des articles 2 à 4.
Lorsque la prise d'eau des centres est située en zone A, les bassins de purification peuvent être approvisionnés directement en mer et utiliser l'eau sans traitement préalable.
Lorsque la prise d'eau des centres est en zone B, les bassins de purification sont approvisionnés par l'intermédiaire d'une réserve ou selon une autre pratique, permettant un traitement en eau de mer propre. Toutefois, l'eau peut être pompée directement avec une prise d'eau adaptée au site et aux besoins et au moment où le niveau de la mer fournit une eau de la meilleure qualité possible pour concourir efficacement à la purification des coquillages.
Lorsque la prise d'eau des centres est en zone C ou D, les bassins de purification sont approvisionnés en eau de mer désinfectée par un système autorisé.

La purification intensive, exigée pour les coquillages provenant des zones C, est pratiquée dans des centres répondant aux conditions définies aux articles 2 à 7 précédents et disposant :

• d'un système autorisé de désinfection de l'eau d'alimentation des bassins, quel que soit le site de prise d'eau du centre ;
• et, sauf dérogation du service d'inspection, d'un système de désinfection de l'eau avant rejet dans le milieu aquatique.

Avant traitement, les coquillages sont débarrassés de la vase par lavage à l'eau potable ou à l'eau de mer propre. Le lavage peut être effectué dans les bassins de purification mêmes, en maintenant les écoulements ouverts et en prévoyant suffisamment de temps après pour que les bassins soient propres au moment d'entamer la purification.

Au cours du traitement, les bassins de purification reçoivent :

• un débit d'alimentation suffisant pour un renouvellement correct de l'eau et pour la quantité de coquillages introduits ;
• une quantité de coquillages à purifier conforme à leur capacité ;
• des coquillages vivants, à l'exclusion de crustacés, poissons ou autres animaux marins.

Le fonctionnement du système de purification permet aux coquillages de retrouver rapidement leur activité de filtration pour éliminer la contamination résiduelle, ne pas se recontaminer et être capables de rester en vie dans de bonnes conditions pour la livraison aux centres d'expédition et la mise sur le marché. Les coquillages sont placés dans des conteneurs construits de manière à permettre à l'eau de mer de les traverser, en couches dont l'épaisseur ne doit pas empêcher l'ouverture des coquilles et en surélévation pour permettre une élimination convenable des déchets.
La purification est continue et menée pendant une période suffisante. Il est tenu compte des données relatives à la matière première, notamment du groupe d'espèces des coquillages, de la zone de provenance et de la charge microbienne, afin de déterminer s'il est nécessaire d'augmenter la période de purification. A son issue, les coquillages respectent les critères microbiologiques des coquillages destinés à la consommation humaine directe.
Pendant un cycle de purification, un bassin ne peut contenir plusieurs lots de coquillages que si ceux-ci sont du même groupe, fouisseurs ou non fouisseurs, et proviennent soit d'une même zone de production, soit de zones de même classement de salubrité. Le traitement doit se prolonger en fonction de la période requise par le lot exigeant la plus longue durée de purification.

Après traitement, les coquillages sont abondamment lavés à l'eau potable ou à l'eau de mer propre, le cas échéant dans les bassins de purification ouverts.
Après chaque cycle de traitement, les bassins de purification sont brossés et lavés. Fond et parois sont désinfectés avec une fréquence suffisante.

Les centres de purification possèdent leur propre laboratoire ou s'assurent les services d'un laboratoire extérieur, reconnu par le service d'inspection. Peuvent être reconnus les laboratoires équipés du matériel requis pour effectuer, selon les méthodes réglementaires ou toute autre méthode reconnue équivalente, les contrôles microbiologiques des coquillages, notamment quant à l'efficacité de la purification, et soumis, au moins une fois par an, à des analyses comparées avec celles d'un laboratoire de référence.