Les centres de purification possèdent leur propre laboratoire ou s'assurent les services d'un laboratoire extérieur, reconnu par le service d'inspection. Peuvent être reconnus les laboratoires équipés du matériel requis pour effectuer, selon les méthodes réglementaires ou toute autre méthode reconnue équivalente, les contrôles microbiologiques des coquillages, notamment quant à l'efficacité de la purification, et soumis, au moins une fois par an, à des analyses comparées avec celles d'un laboratoire de référence.