Dans le cas d'une inaptitude temporaire, celle-ci doit être réévaluée au terme de la durée de l'inaptitude.

Pour les candidats militaires inaptes à un recrutement interne en tant qu'officier ou sous-officier, le directeur des ressources humaines de l'armée de terre (DRH-AT) peut accorder une autorisation à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude dans le corps candidaté, conformément à l'article 13 du présent arrêté.

En cas d'inaptitude médicale définitive constatée pendant la période probatoire, l'autorité militaire dénonce le contrat d'engagement.
Lorsqu'une surexpertise est demandée, la procédure de dénonciation est suspendue jusqu'aux résultats de celle-ci, à la condition qu'ils soient transmis avant la fin de la période probatoire. Celle-ci est, si besoin, prolongée dans les limites prévues par le décret n° 2008-961 du 12 septembre 2008 susvisé.

Le militaire déclaré inapte au service après la fin de sa période probatoire peut être admis à servir par dérogation dans la spécialité ou l'emploi après avis du conseil national de santé prévu selon les dispositions de l'arrêté du 21 avril 2022 susvisé.
En fonction de la spécialité ou de l'emploi, le dossier est présenté devant :

- le conseil national de santé des armées (CNSA) ;
- la commission médicale de l'aéronautique de défense (CMAD) ;
- la commission médicale supérieure du personnel plongeur des armées (CMSPPA).

Après avis d'une des instances susmentionnées, le DRH-AT peut accorder une autorisation à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude.
Dans le cas où la demande à servir par dérogation dans la spécialité n'est pas agréée par le DRHAT, le militaire peut être réorienté dans une autre spécialité ou un autre emploi. Il doit alors détenir l'aptitude au maintien en service dans son corps et, si nécessaire, le niveau d'employabilité requis dans la nouvelle spécialité ou le nouvel emploi, ou être autorisé à y servir par dérogation.
Le militaire dont l'inaptitude ne permet pas le maintien en service par dérogation aux normes médicales et qui ne peut être réorienté est présenté devant une commission de réforme des militaires prévue aux articles R. 4139-53 à R. 4139-61 du code de la défense.

Le personnel militaire reçoit les vaccinations légales et réglementaires dont les échéances sont fixées par le calendrier vaccinal défini par le SSA.
Seul un médecin des armées est habilité à établir les éventuelles contre-indications aux vaccinations légales ou réglementaires.