L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement dans le respect des dispositions des articles R. 3417-21 et R. 3417-22 du code de la défense.
S'agissant des actes directement liés au fonctionnement de l'EPA et à la mission de participation au financement du logement du personnel militaire, le contrôleur contribue, notamment en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, il s'appuie sur une analyse des facteurs explicatifs de la dépense et du coût des politiques publiques.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'établissement, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.