La commission académique d'harmonisation et de proposition des notes est présidée par le recteur ou son représentant ; elle est composée du ou des inspecteurs d'académie-inspecteurs pédagogiques régionaux d'éducation physique et sportive et d'au moins huit enseignants d'éducation physique et sportive de l'enseignement public ou privé sous contrat.
La commission académique d'harmonisation et de proposition des notes recense et valide les déclinaisons du référentiel par activité définis par les établissements. Elle analyse les notes relatives aux enseignements commun transmises par les établissements. Elle procède à leur harmonisation éventuelle et les communique ensuite au jury de l'examen du baccalauréat, lequel arrête définitivement la note affectée du coefficient en vigueur. Elle arrête la liste d'activités académique et établit les déclinaisons académiques du référentiel pour ces activités.
La commission académique d'harmonisation et de proposition des notes dresse le compte rendu annuel de chaque session pour l'enseignement commun et pour les épreuves adaptées. Elle le transmet, dès la fin de l'année scolaire, à la Commission nationale d'évaluation.